Патриарх Иов в житии царя Фёдора отмечал, что царь передал права на престол своей жене. Действительно, Ирина была для царя самым близким человеком, и ей быстро присягнули. Тем не менее, она отказалась от престола, и сообщила о намерении постричься в монахини. Несмотря на все уговоры, спустя 9 дней она уже прибыла в Новодевичий монастырь. Однако, это не означало, что она отходила от государственных дел. Ирина сообщала патриарху о важных решениях, которые он вместе с боярами претворял в жизнь. Вместе с этим, бояре думали над тем, кого следует назначить новым государем. Большинство остановило свой выбор на Борисе Годунове.
Даже патриарх считал Бориса достойным кандидатом. При царе Фёдоре этот боярин служил исправно и был очень ответственным. Годуновы успели хорошо обогатиться, так как заслуг у Бориса перед царём было много. Фактически, при больном царе правил именно он. Но были у Годунова и враги. Это были не только Шуйские, о которых сообщается в летописи, но и более мелкие бояре, так как от одной семьи Шуйских никакого вреда Борису нанесено и быть не могло.
Когда Годунова начали просить принять царство, то он сперва отказывался от престола. Сам Борис утверждал, что даже подумать не может о том, чтобы занять место государя.
Иов долго упрашивал будущего царя изменить решение, но тот продолжал отвечать отказом. Некоторые иностранцы, присутствовавшие тогда при дворе, утверждали, что царица использовала различные средства для того, чтобы народ поддерживал Бориса. Земский собор тоже не видел более достойного человека. По другим данным, бояре вовсе не желали видеть Бориса царём, а потому пытались сделать так, чтобы он поцеловал крест на грамоте, которая ограничивала его права на царство. Сам же Борис всячески оттягивал этот момент, ибо ждал подходящего случая, чтобы обмануть противников.
В любом случае, 1 сентября 1598 года Годунов венчался на царство. Он обещал при этом не лить без особых причин кровь своего народа. Вообще, Борис Годунов прослыл правителем подозрительным, неуверенным в своих собственных силах и довольно пугливым. Во время принятия важных решений, он всегда спрашивал совета у приближённых, так как боялся ошибиться. В начале своего правления, царь действительно осыпал окружающих милостями: многие люди получили боярские титулы, многим было выдано двойное жалованье. Иностранцев на целый год освободили от ясака, а народу были розданы деньги и съестные припасы.