Великую Отечественную войну Василий Чистота прошел практически от первого до последнего дня. Был капитаном артиллерийских войск. А Людмила Чистота в эти тяжелые годы работала на кафедре химии, принимала активное участие в производстве остродефицитных реактивов и медикаментов (перманганата калия, цинковых препаратов и др.) для многочисленных госпиталей города. Растила дочь, которая родилась уже после отъезда отца, с тревогой ждала фронтовые треугольники-письма. В них были слова любви, беспокойства за семью и ни слова о смертельной опасности, которая подстерегала его на каждом шагу. Капитан Чистота воевал на Волхове, где трясина под ногами, бесконечные дожди и снега очень осложняли ведение боевых действий. В 1942 году он был ранен под Новгородом, где во время артиллерийского обстрела спасал склад боеприпасов, и получил первую боевую награду – медаль «За боевые заслуги». Василий Демьянович участвовал в прорыве блокады Ленинграда. Затем воевал на Кенигсбергском направлении и был тяжело ран