Всё началось с того, что где-то в начале XXI века люди изобрели развитый искусственный интеллект. И люди создают первые машины по своему образу и подобию. Роботов использовали для тяжелых работы и в итоге люди начали их воспринимать как своих рабов, вследствие чего начинает расти неравенство.
В 2090 году машина впервые убивает человека - своего хозяина, за то что тот хотел его заменить. В суде робота приговаривают к смертной казни. Это приводит к митингам со стороны машин и людей. Правительство боится восстания машин и начинает массовую резню. Роботы, которым удалось спастись, убегают и в скором времени создают собственный город под названием 01 (ноль один).
Первая война с машинами и операция «Темный шторм»: 2139 — 2199 гг
Все началось с Города машин или 01 — именно там произошел первый конфликт между людьми и машинами. Люди решили разбомбить 01, однако ядерный взрыв не причинил машинам никакого вреда. В ответ машины начали войну против людей.
В отчаянной попытке победить машин ООН провели операцию «Темный шторм»: тысячи самолетов выбросили в атмосферу пылевые облака, который закрыли солнечный свет. Таким образом люди надеялись, что выведут из строя машины, работающие от солнечных батарей. Но операция привела к более ужасным последствиям: исчезли многие виды растений, животных и бактерий, а машины стали использовать в качестве источника питания человеческие тела.
Правление машин и рождение мира "Матрицы": 2200 г
Вскоре машины смогли поработить 99% человечества. Они даже стали создавать искусственных людей для добычи энергии. Чтобы держать людей под контролем программа Архитектор разработала симуляцию реальности, в которой жил человеческий разум. Конечно, сначала в этой симуляции было много ошибок, но третья или четвертая ее версия была стабильной. Как оказалось, для стабильной работы Матрицы важно было дать людям иллюзию выбора.