Идея написания сценария "Женя, Женечка и "катюша" появилась у Владимира Мотыля после прочтения повести Булата Окуджавы «Будь здоров, школяр!».
Юмор и сюжет повести натолкнули Мотыля на идею сюжета о школьнике-интеллигенте, который попадает на войну, и всё у него невпопад. По замыслу режиссёра, в фильме должна была быть любовь, которая даже может обернуться трагедией по вине главного героя, чтобы напомнить зрителю о войне.
Имея около 25 листов сценария, Мотыль отправился в Ленинград, на встречу с Булатом Окуджавой. Тот поначалу отказался, мотивируя тем, что сценарий уже готов, и его участие не требуется, но Мотыль сумел убедить поэта стать соавтором.
В отличие от молодого режиссёра, Булат Окуджава был ветераном Великой Отечественной войны и привнёс в сценарий мелкие, но важные детали, диалоги и образы, недоступные для Мотыля.
Например, диалог для сцены, когда Захар Косых слышит разговор Жени и Женечки по телефону и принимает его на свой счёт, был полностью написан Окуджавой.
В свою очередь, решение о гибели Земляникиной принял Мотыль, причём уже во время съёмок: тем самым режиссёр хотел показать трагедийность войны.
«Уважаемый Алексей Николаевич. Способствуя праздничному настроению народа юбилейном году ленинградские кинематографисты создали ряд комедий, том числе Женя, Женечка, Катюша. После двадцатилетнего отсутствия военно-комедийного жанра эта первая попытка была одобрена коллегией главка художественной кинематографии, принята Комитетом кинематографии. Главное политуправление армии принципиально поддержало фильм... Однако неожиданно председатель Комитета кинематографии тов. Романов оградил картину от массового зрителя запрещением нормального тиража ликвидацией рекламы. Это решение объясняют тем, что товарищам Демичеву, Гречко что-то не понравилось фильме. Этого оказалось достаточно, чтобы волевым способом перечеркнуть складывающиеся вокруг картины благоприятное отношение. Авторы картины находятся в полном неведении относительно обвинений, предъявленных картине... Просим восстановить справедливость, чтобы зритель, общественность открыто оценили достоинства, недостатки картины, которая, согласно первым откликам, служит воспитанию добрых чувств советских людей и сможет занять свое место в репертуаре юбилейного года... С глубоким уважением Владимир Мотыль».