Храм, освящённый в Череповце изначально в честь Николая-угодника, был выстроен из дерева в конце XVI века. Второй его придел был посвящён Троице. Спустя два столетия деревянный храм почти разрушился, и его разобрали, решив заменить новой церковью. Она была выстроена в 1789 года и действовала вплоть до 1930.
В 1931 году церковь была закрыта и использовалась по-большевистски, т. е. под хозяйственные нужды. В 1989 она и вовсе сгорела.
В 1991 году было принято решение восстановить церковь. Примерно тогда же начались работы по этому вопросу, и в 1997 году новый храм был освящён.
Сегодня храм стоит на своём прежнем месте: это первая городская достопримечательность, которую видят те, кто приплывает в город по реке. В храме хранятся частицы мощей святых: преподобного Александра Свирского, вифлеемских младенцев (капсула стоит в иконе с их изображением), великомученика Пантелеймона, а также фрагмент мантии преподобного Серафима Саровского.
