Духоборы появились после раскола русской православной церкви и проведённых патриархом Никоном реформ. Основателями секты стали купец Побирохин и казак Колесников. Они не гнались за деньгами или властью, как другие основатели сект. Нет, они всего лишь хотели донести свои убеждения мирным путём до как можно большего числа людей. Их христианская секта во многом основывалась на библейских законах. Но трактовались они духоборами по-своему. Примечательно, что в духоборчестве переплелось множество убеждений из других религий, в частности из даосизма, буддизма и индуизма.
Например, они не верили, что каждый появляется на свет уже грешным. В духоборчестве каждый человек изначально был безгрешным, а грешником его делали поступки, совершенные в жизни. Верили духоборы и в то, что после смерти человек возрождается в другом теле. Так, последователи духоборчества считали, что после распятия на кресте Иисус воскрес в новом теле. Не верили в секте духоборов и в существование ада и рая. Считалось, что человек самостоятельно создаёт на земле рай или ад своими деяниями. Можно сказать, что во многом духоборы полагались на собственные силы, а не на божественные.
У русской церкви отношения к духоборчеству было двояким. С одной стороны, в духоборах видели последователей старых идей, существовавших до раскола. С другой — считали еретиками и отступниками. Но духоборов мало волновало любое отношение церкви к себе.
Они не посещали православные службы в храмах. Более того, духоборы считали, что каждый из них должен сотворить церковь внутри себя. Они молились дома в одиночестве, исповедовались тоже в одиночку, просто рассказывая Богу о своих прегрешениях. Не следовали они и многим обрядам. Например, умерших духоборы хоронили в могилах без крестов. Вместо них на могиле ставили небольшие столбы с насечками. Кладбища духоборы делали на границах своих поселений. В самое большое из них в 1818 году даже приехал сам император Александр I. Аккуратность и хороший урожай сектантов так понравились императору, что он выделил им землю в Крыму. Но вскоре после этого начались гонения на участников секты духоборов.
Оказавшийся на троне после Александра I, Николай I к духоборчеству отнёсся крайне негативно. Отданные им крымские земли он отнял и передал православным христианам. А «неблагонадёжных элементов», то есть духоборов, выслали в Армению и Грузию. Некоторое время сектанты жили там мирно, хотя условия были и не самыми лучшими. Однако в 1887 году ввели общую воинскую повинность, нести которую духоборы отказались. По их убеждению нельзя было брать в руки оружие, чтобы убивать других людей. Они даже написали письмо местному губернатору с просьбой освободить их от воинской повинности. Но губернатор ответил отказом и расценил неповиновение как бунт. А когда он узнал, что духоборы спалили всё-таки имеющееся у них оружие, то принял суровые меры.
На подавление волнений в сёлах Тифлисской губернии правительство выслало казаков, в результате чего имели место избиения духоборов, разграбление их имущества при постое войск, упоминаются случаи изнасилования женщин. Позже около 4300 духоборов было принудительно переселено в местности с нездоровым климатом без права продажи недвижимого имущества. Отказывавшихся от службы военнообязанных духоборов (солдат и запасников) общим числом около 330 человек приговорили к заключению в тюрьмы и дисциплинарные батальоны, где они подвергались истязаниям и лишениям. Упорствующих в отказе от службы ссылали в Сибирь на 18 лет. Многие духоборы умерли в заключении и ссылках.
Такая несправедливость к миролюбивым людям шокировала многих, в том числе и Льва Толстого. Писатель стал оказывать духоборам материальную помощь. Он рассылал множество писем об их бедственном положении в российские и зарубежные газеты. Но всё было зря. На русской земле духоборам не нашлось места, в итоге большая их часть перебралась в Канаду.