Зимой 1612 года войско польских интервентов подошло к Курску, но после месяца жёсткой осады было вынужденно уйти восвояси. В критическую минуту осады куряне поклялись, что если выстоят, то построят монастырь и через год в центре Курска появился Знаменский мужской монастырь, расположившийся в стенах малого острога, выстоявшего против поляков в 1612 году.
Строительство Знаменского монастыря началось сразу после снятия осады в 1612 году, когда в Курске была срублена церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Вступивший на престол в 1613 году царь Михаил Фёдорович разрешил устроить в центре Курска монастырь и помог ему деньгами. Через 2 года строительство Знаменского монастыря было завершено, в нём имелись 2 деревянные церкви и 15 келий, в которых жили настоятель монастыря отец Варлаам и 40 иноков. По случаю окончания строительства царём Михаилом Фёдоровичем Знаменскому монастырю была дарована чудотворная Курская Коренная икона Божией Матери "Знамение", после чего Знаменский монастырь стал главным монастырём Курского края, к нему были приписаны Троицкий, Божедомский и Пустынский Богородицкий мужские монастыри со всеми угодьями и землями. Дальнейшее развитие курского Знаменского монастыря в XVII веке знало и периоды расцвета, и периоды разгрома, вызванных в первую очередь нападениями крымских татар и поляков, чёрным для Знаменского монастыря стал 1634 год, когда Курск осадили поляки под предводительством Иеремии Вишневецкого и хотя он потерпел поражение, Курск и монастырь после него пришлось отстраивать заново, причём Знаменский монастырь отстраивался уже в камне, в 1649 был заложен, а в 1680 году освящён кафедральный собор в честь Иконы Божией Матери "Знамение", тогда же настоятель Знаменского монастыря получил сан архимандрита за заслуги перед верой и отечеством.
Знаменский монастырь рос и богател вплоть до 1762 года, когда была проведена секуляризация церковных земель, лишившая монастырь угодий с приписанными к ним крестьянами, а также выведшая из его подчинения Троицкий, Божедомский и Пустынский Богородицкий мужские монастыри. Вторым ударом для Знаменского монастыря стал Курский пожар 1781 года, во время которого сгорел кремль, досталось и монастырю, да так, что наиболее пострадавшие при пожаре Воскресенский собор и Пятницкую церковь пришлось разобрать. В дальнейшем Знаменский монастырь, несмотря на помощь со стороны царской династии, влачил довольно жалкое состояние, в аварийное состояние пришёл даже кафедральный Знаменский собор, который из-за опасности для прихожан был тоже разобран в 1816 году и отстроен заново в стиле классицизма, а в 1832 году в Знаменском монастыре была размещена резиденция архиепископа Курского. После Октябрьской революции Курский городской Совет рабочих и солдатских депутатов заключил с верующими договор, по которому Знаменский монастырь безвозмездно оставлялся в полном распоряжении последних, но в 1924 году Знаменский монастырь был закрыт, а его храмы стали приходскими и продержались в таком состоянии до 1932 года, когда самораспустился последний, Знаменский, приход, а в здании Знаменского собора разместился кинотеатр "Октябрь". В 1992 году Знаменский монастырь был возвращён Русской Православной Церкви, была начата реставрация, продолжавшаяся до 2003 года и вернувшая Знаменскому монастырю звание духовного и культурного центра Курской земли.