Годы Великой Отечественной войны — один из самых трагических периодов в истории Государственного музея изобразительных искусств имени А.С. Пушкина.
Большинство реставраторов и хранителей ушли на фронт или уехали в эвакуацию с семьями. После начала войны штат музея был сокращен и, чтобы остаться работать в музее, сотрудники переходили на другие должности.
Cо 2 июля 1941 года началась переноска художественных ценностей из залов в запасники. Все были очень встревожены, будущее было неизвестно, но оптимизм не оставлял работников музея. Как вспоминала лектор-методист, старший научный сотрудник Анна Николаевна Замятина: «Все поддающиеся переноске слепки… были перенесены в подвал, — святые встретились с обнаженными богами — получились забавные ситуации». Работа была трудоемкая, требующая дисциплины и предельного внимания. Ее провели в кратчайший срок — за десять дней. Большая часть музейных фондов была эвакуирована в Новосибирск и Соликамск. При этом много экспонатов осталось в музее. В залах в сентябре 1941 года оставались слепки — 19 больших неразборных статуй, 57 памятников, вмонтированных в стены, 8 архитектурных памятников.
Хранители всеми силами спасали оставшиеся памятники и приводили в порядок учетные документы.
В музее и в военное время проходили выставки и издавались небольшие каталоги к ним. Все силы были брошены на поддержание нормального функционирования музея ради сохранения и самого уникального здания, и оставшихся коллекций. Помимо бесконечных авральных музейных работ, сотрудников мобилизовали на разгрузку дров, заготовку леса, переборку овощей, строительство метро.
Несмотря на все это, сотрудники музея продолжали заниматься научной работой, читать лекции для широкой аудитории и отдельно на Казанском вокзале для солдат, отправляющихся на фронт, выпускать альбомы с фотографиями предметов искусства, обсуждать доклады коллег, защищать диссертации. И.А. Кузнецова писала Т.С. Айзенман из Москвы 18 ноября 1942 года: «В музее я бываю часто… снова холод и тоска. Все сотрудники сгрудились в одном из зальцев “Барбизона”, где сооружена печка. Сейчас там происходит научная сессия трех музеев: нашего, Западного искусства и Восточных культур…». Эта убежденность в необходимости своего дела и помогла сохранить музей.
Весной 1945 года, советский народ жил в ожидании конца войны, в ожидании победы. Полным ходом шли восстановительные работы. Наш музей тоже залечивал раны, нанесенные войной.