В октябре 1941 г. в труднейшие дни для нашей Родины, когда основная часть студентов и преподавателей ушла добровольно в ряды Красной армии на фронт, МГРИ по решению Правительства был эвакуирован в город Семипалатинск.
Там МГРИ разместился на базе местного геологоразведочного техникума и продолжал выполнять подготовку инженерных кадров. В Семипалатинск съехалось более 200 студентов, которые приступили к учебе в декабре 1941 г. Директором МГРИ в Семипалатинске был назначен П.М. Кисель, заведующим учебной частью - В.Г. Гащенко.
В Семипалатинске в условиях эвакуации преподавали профессора: Б.Л. Степанов, Е.А. Кузнецов, Г.Н. Каменский; доценты – Б.И. Воздвиженский, В.А. Приклонский, М.В. Муратов, Н.И. Николаев, В.Н. Павлинов, Н.В. Литвинович, Т.М. Микулина, Н.И. Спицин, Ф.П. Лаптев, И.К. Иванова, П.М. Кисель, В.И. Гащенко. Занятия со студентами вели также специалисты Союззолоторазведки Семипалатинского педагогического института, Львовского университета и Семипалатинского геологоразведочного техникума.
За время семипалатинской учебы успешно защитили дипломные проекты 12 студентов. Для пополнения учебного оборудования и коллекций минералов, пород и руд в июне 1942 г. Комитетом по делам геологии были направлены в Москву Б.Л. Степанов, В.А. Гащенко и В.Н. Павлинов, которые привезли в Семипалатинск к началу 1942/1943 учебного года три вагона необходимого учебного оборудования, учебные коллекции и геологические пособия.
В июне (в Москве, в МГУ) за подписью Е.Е. Захарова был издан приказ об образовании приемной комиссии МГРИ, в состав которой входили: П.В. Калинин, Б.Я. Меренков, А.И. Заборовский, А.М. Овчинников, Н.И. Куличихин, В.В. Белоусов.
В Семипалатинске в это время была образованна государственная экзаменационная комиссия (ГЭК). В состав комиссии входили: Ч.А. Пацкер (председатель), члены комиссии: проф. Б.Л. Степанов, доц. Б.И. Воздвиженский, проф. Г.Н. Каменский, доц. М.В. Муратов, проф. Е.А. Кузнецов, доц. В.Н. Павлинов. И. о. директора был назначен М.Я. Ханютин.
В Москве в МГРИ остались преподаватели: В.В. Меннер, М.А. Болховитинова, Е.Е. Захаров, Н.И. Куличихин, П.Н. Марков и др. В феврале 1942 г. вернулись из армии П.В. Калинин, А.А. Трофимов и некоторые студенты, прибывшие с опозданием с производственной практики – все они были переведены на геологический факультет МГУ. Все имущество МГРИ и музеи были переданы МГУ на сбережение.
В августе 1943 г. в Семипалатинске вышел приказ по МГРИ о реэвакуации вуза в Москву. Уполномоченным по реэвакуации был назначен В.Н. Павлинов. В 1943 г. он был секретарём парторганизации и деканом факультета. Сотрудники института вместе с учебным оборудованием прибыли в Москву и приступили к занятиям в сентябре 1943 г. В это же время в институт вернулись многие студенты и преподаватели из армии и с производства. Согласно распоряжению Геолкома СНК СССР, подведомственные ему организации выделяли оборудование для оснащения Загорского полигона МГРИ. Институт зажил новой жизнью.