Здание изначально было спроектировано архитектором Юрием Коганом в 1985 году в стиле советского модернизма, напоминая лодку.
Пять женских фигур на фасаде символизируют пять морей, с которыми связана Москва: Черное, Каспийское, Азовское, Белое и Балтийское моря.
Южный речной вокзал изначально располагался у Даниловского моста — это было деревянное здание, построенное в 1930-х годах. Отсюда посетители могли отправиться в водную прогулку по Оке, Волге и Каме.
В 1972 году в связи с реконструкцией района здание Южного речного вокзала разобрали и открыли временный причал на Нагатинской набережной. В то время существовал маршрут на Нижний Новгород и Рязань.
Нынешний Южный речной вокзал находится недалеко от станции метро «Технопарк». Однако он долгое время не работал. В 1990-е годы, после распада Советского Союза, речные перевозки погрузились в кризис и практически прекратились. А здание превратили в ярмарку детских товаров и авторынок.
Восстановление Южного речного вокзала началось только в 2021 году и заняло два года. Помимо зон ожидания, на крыше есть выставочное пространство Музея транспорта города, смотровая площадка и лаунж-зона.
Первый круизный лайнер ожидается 5 мая. Будут доступны круизы в 30 городов России, в том числе в Нижний Новгород, Ярославль, Кострому, Коломну, Тверь и Казань. Кроме того, здесь будет остановка частных теплоходов, следующих по внутримосковским маршрутам.
Между тем, в 2020 году открылся Северный речной вокзал, построенный в 1937 году в стиле «сталинский ампир» и расположенный напротив.