Материальные богатства, собранные Иосифом Волоцким, позволили монастырю стать едва ли не самым значительным центром книжности. Его насельники принимали деятельное участие в литературной жизни того времени. В обители была собрана крупнейшая монастырская библиотека. Рукописное наследие монастыря по сей день служит предметом исследования ученых.
Монашескую общину, созданную преподобным Иосифом, по сей день называют идеальным монастырем. В 16-17 веках он был самым известным, богатейшим и посещаемым монастырем на Руси. Сюда на богомолье пешком приходили и великие князья, и цари, и простолюдины. Но эта известность и приверженность московскому трону послужило тому, что монастырские стены стали и местом заточения государевых врагов и еретиков. Здесь томились такие известные личности - нестяжатели инок Вассиан Косой, в миру князь Василий Патрикеев, да и сам преподобный Максим Грек. Сам царь смутного времени Василий Шуйский провел здесь узником немало дней. Интересно, что в годы своего правления он оказывал великие милости Волоцкому монастырю.
Особым благоволением Иосифо-Волоцкий монастырь пользовался у Ивана Грозного, который посещал обитель и принимал в Москве, в своих царских палатах ее игуменов.
Смутное время это трагическая страница в летописи православного монастыря, он трижды подвергался атакам. Сначала войсками Лжедмитрия I, потом вольными людишками Ивана Болотникова, а вскоре и польско-литовскими полками. Крепостная стена монастыря, протяженностью 830 метров, была полностью разрушена и более полувека находилась в таком состоянии.
После окончания Смуты началось возведение новых крепостных сооружений. Монастырь строили как цитадель. И действительно, окруженный белокаменными стенами, он и сейчас напоминает неприступную крепость. Строительство завершилось через 18 лет. Монастырь снискал славу архитектурного шедевра, благодаря удивительно красивым башням. Их восемь и все абсолютно разные.
Однако, 18 век с его безверием, насмешливым отношением к монахам и монастырям, отразился не в лучшую сторону на благосостоянии обители. Все осталось в прошлом, но надо сказать, что Петр I все же помогал монастырю. Но Екатерина своей жесткой рукой провела секуляризацию, у монастыря отобрали земли и он стал второклассным. Перед революцией здесь жило около пятидесяти монахов, но многие жили в монастыре просто трудниками. Не смотря на все тяготы и лишения, обитель продолжала существовать и обновляться.
Монастырь закрыли в 1920 году и разместили здесь детский городок имени 3-го Интернационала. Богатейшую библиотеку, в том числе и рукописную, увезли в Москву. Архивы тоже. Монастырь очень пригодился советской власти и уже в конце ноября 1918 года сюда перевели три детских дома. а к началу 1920 года здесь было уже 500 детей из Москвы. Монахов выгнали.
Возвращен Православной Церкви монастырь был в 1989 году. А спустя 10 лет ему было присвоено звание ставропигиального. А в 2001 году были обретены мощи преподобного Иосифа. С этого времени в стенах древней обители ежедневно совершаются богослужения, а монахи чтят устав, созданный его основателем Иосифом Волоцким. Монастырь стал не только духовным, но культурно-хозяйственным центром, каким и хотел его видеть преподобный Иосиф.