Когда игумен Лукиан с братией пришли восстанавливать обитель, в ней царила полная разруха. Троицкий комплекс все еще был занят психиатрической больницей. В Преображенской части зияли пустыми глазницами окон полуразрушенные братские корпуса. В стенах разграбленных храмов гулял ветер. Братия помолились Богу и приступили к работе.
Через год после начала возрождения обители случилось чудо. При изучении архивов в Покрово-Тервеническом женском монастыре одна монахиня обнаружила следы пребывания мощей Александра Свирского. Оказалось, что все это время святыня находилась в Ленинграде, в запасниках Военной Медицинской Академии. Тогда заведующим академии был профессор Ткаченко, который позже стал священником. Когда над обретенными мощами, накрытыми простой простыней, стали читать молебен, они стали сильно мироточить. Простыня стала мокрой от благоухающего мира, а на этот чудный запах слетелись пчелы. На всех это произвело огромное впечатление, вокруг были и далекие от веры люди. Мощи были отданы монахам без заполнения каких-либо бумаг.
Сначала мощи Божьего избранника перенесли в храм Веры, Надежды и Любови, в разоренной обители пока не нашлось места для их размещения. Понадобилось почти 5 месяцев, чтобы привести в порядок хотя бы одну из монастырских церквей.
Но уже в Петербурге преподобный стал творить чудеса. С самого утра двери храма открывались и тысячи верующих спешили приложиться к мощам. Слава об их чудотворной силе уже пронеслась по стране. Людям возвращалось зрение, проходили параличи, исчезали раковые опухоли, у бесплодных рождались дети. Заглядывали в храм и ученые, отказывающиеся верить в то, что тело монаха, умершего почти 500 лет назад, выделяет благоуханное миро и лечит людей. Но это чудо ученые мужи объяснить так и не смогли.
В 1998 году мощи преподобного Александра Свирского были возвращены в родную обитель. Несколько лет они находились в церкви Захария и Елизаветы, а затем заняли свое первоначальное место, в Преображенском соборе.
Работа по восстановлению монастыря продолжалась. Троицкий собор вернули Православной Церкви, но оставшуюся часть монастырского комплекса по-прежнему занимала больница, поэтому службы в храме были только по праздникам. Но самое главное. как только в соборе возобновились богослужения, фрески, выполненные тихвинскими мастерами по заказу Петра I, стали самообновляться - набирать яркость и цвет. Это еще одно чудо, которое являет Северная Лавра.
Психиатрическая больница находилась на территории монастыря до 2011 года. Только после перевода ее в Лодейное поле в Троицком комплексе начались восстановительные работы.
В монастыре, кроме мощей Александра Свирского, есть еще несколько святынь. Одна из шести, существующих в мире, копий Туринской Плащаницы находится в церкви Захария и Елизаветы. В Преображенском соборе несколько десятков мощевиков с частицами великих христианских святых, частица яселек, куда был положен Божественный Младенец, частица гвоздя, которым Спаситель был распят. Все эти святыни были приобретены для монастыря благотворителями, и не только святыни.
Сам монастырь во многом обязан своему восстановлению таким жертвователям. Имя каждого из них записано у братии для вечного поминовения.