В 1918 году в обитель пришли первые комиссары, на следующий день после провозглашения в Олонецкой губернии советской власти. Их интересовали церковные ценности и, как ни странно, мощи преподобного Александра.
Настоятель монастыря, архимандрит Евгений пытался противостоять разграблению обители. Вместе с монахами и жителями соседских деревень он организовал союз защиты церквей. Но власти сфабриковали дело против отца Евгения и вскоре его и еще двух монахов увезли и расстреляли. После этого большевики уже беспрепятственно начали хозяйничать в монастыре. В его стенах поселились военные, всячески притесняя братию. Из монастыря стали вывозить все ценности, а позже вывезли и раку с мощами Александра Свирского в Лодейное поле. Там они сначала находились в часовне при больнице, а потом их след потерялся.
Примечательно, что святыня была арестована еще до выхода постановления совнаркома о ликвидации мощей во всероссийском масштабе. То есть Александр Свирский стал первым русским предстоятелем, которого посетили богоборцы. Преподобный был покровителем князей, царей, а они почитали его и считали своим заступником. Это и повлияло на разрушение обители.
Когда мощи вывезли, обитель стала постепенно приходить в запустение, а к 1925 году была окончательно разорена. С тех пор здесь находился колхоз, концлагерь Свирьлаг, тюрьма для проституток, во время войны финский военный госпиталь, потом инвалидный дом и психиатрическая больница.
Многие здания пустовали и постепенно разрушались - крыши поросли растительностью, а вместо молитв слышались крики и стоны душевно больных. Казалось, что северная святыня угасла навсегда, но Господь судил иначе.
Новая жизнь пришла в разоренную обитель тихо и мирно. В июне 1997 года настоятель Петербургского храма Веры, Надежды и Любови иеромонах Лукиан Куценко был назначен игуменом еще не возродившегося монастыря. И вскоре на землю, освященную Троицей, вступили пять человек, во главе с новым настоятелем. Таким малым воинством православные люди вышли на битву с хаосом, царившем здесь последние 80 лет.
