24 апреля 1998 года состоялось торжественное открытие Спортивно-концертного комплекса Ленинградской атомной станции, названного «Энергетиком».
28 апреля 1998 года приказом директора №202 на Ленинградской АЭС из организационной структуры управления эксплуатирующей организации ЛАЭС и штатного расписания был исключен режимно-секретный отдел и отряд военизированной охраны 3-й гр. и введена Служба безопасности с подчинением зам. директора по физической безопасности, внешним связям и информационному обеспечению. Этим же приказом в организационно-штатную структуру Службы безопасности передан отряд ВВО и РСО.
Первым руководителем СБ был Григорьев Владимир Викторович (с 1998 по 2003 гг.), с 2003 – Шевченко Андрей Борисович.
Первые работники СБ: Лептяев М. П. (зам. начальника), Бондаренко В. М., Троян О. В., Пейчец А. В., Быковский С. Б., Гурьев А. Э., Еремин В. А., Иванушкин В. В., Нижников С. В., Солохин С. И., Черехинский В. Н. и др.
19 мая 1998 года был образован ансамбль эстрадного танца «Энергия» Ленинградской атомной станции (рук. Н. И. Герасимова).
30 июня 1998 года энергоблок №4 Ленинградской АЭС был остановлен на модернизацию, продлившуюся до 28 июня 2001 года.
В связи с тяжелым финансовым положением станции и экономики страны в целом, сроки окончания реконструкции 3-го и 4-го энергоблоков ЛАЭС в новой Программе развития атомной энергетики в РФ были перенесены с 1998 на 2001 год.
21 июля 1998 года правительство Российской Федерации утвердило Программу развития атомной энергетики Российской Федерации на 1998-2005 гг. и на период до 2010 г.
Данной программой было предусмотрено строительство АЭС нового поколения, для Ленинградской АЭС – продление срока эксплуатации блоков №1, 2, 3, 4.
14 августа 1998 года Ленинградскую АЭС посетили председатель Государственной Думы Геннадий Селезнев и министр по атомной энергии России Евгений Адамов.
Гости побывали также в НИТИ и встретились с жителями города во Дворце культуры «Строитель».
В сентябре 1998 года при финансовой помощи ЛАЭС для ЦМСЧ-38 был приобретен компьютерный томограф. Атомная станция подготовила также кабинет для установки этого оборудования.
25 октября 1998 года энергоблок №3 Ленинградской АЭС был введен в эксплуатацию после первого этапа модернизации, начавшейся 1 июля 1995 года.
В 1998 году отдел радиационных технологий Ленинградской атомной станции отправил в Радиевый институт Санкт-Петербурга и РНЦ «Прикладная химия» 2190 кюри изотопа йода-125 и 47,4 кюри – изотопа молибдена-99, что позволило обследовать в клиниках Санкт-Петербурга более 3000 пациентов с постановкой диагноза и назначением курса лечения.
На ЛАЭС было произведено также контрольное облучение двух партий слитков кремния для Чехии и контрольное облучение партии пластин кремния для Тайваня.
В 1998 году было начато строительство здания второй очереди Учебно-тренировочного центра ЛАЭС (зд.777/2).
15 апреля 1999 года состоялась учредительная конференция городского территориального объединения профсоюзных организаций города «Атомград». Председателем совета «Атомграда» избрали работника ЛАЭС Захарова Владимира Ивановича.