28 апреля 1996 года Ленинградскую АЭС и г. Сосновый Бор посетил лидер КПРФ, кандидат в президенты РФ Г. А. Зюганов.
В мае 1996 года представители трудового коллектива ЛАЭС и профсоюзного комитета выезжали в Москву на встречу с министром по атомной энергии В. С. Михайловым по поводу решения проблемы финансовых неплатежей ЛАЭС и выплаты заработной платы, а также с предложением сменить директора станции.
Ответ министра был следующим: «Мы не позволим увольнения директора лучшей атомной электростанции России».
13 июня 1996 года состоялась конференция трудового коллектива ЛАЭС, вызванная систематической невыплатой заработной платы работникам предприятия. Конференция выразила недоверие директору атомной станции и приняла решение провести акции протеста. В тот же день состоялся многочисленный митинг работников ЛАЭС на площади возле ДК «Строитель».
В июне 1996 года на Ленинградской АЭС начались акции протеста трудового коллектива станции в связи с длительной задержкой заработной платы. Председатель профкома ЛАЭС объявил голодовку до удовлетворения всех требований коллектива.
В результате протеста частично была погашена задолженность и появилось решение правительства области об оказании помощи Ленинградской АЭС.
29 июня 1996 года после модернизации был введен в действие первый энергоблок ЛАЭС.
Работы в рамках программы модернизации длились 609 суток.
В июле 1996 года состоялась новая встреча представителей трудового коллектива ЛАЭС с министром В. С. Михайловым в присутствии руководителей концерна «Росэнергоатом», директоров АЭС, председателей профкомов АЭС и председателя ЦК профсоюза отрасли.
Итогом встречи стало принятие решения о выделении средств для погашения задолженности ЛАЭС.
Чуть позднее Еперин А. П. написал заявление об уходе на пенсию. Исполнять обязанности директора приказом министра был назначен Лебедев В. И.
18 июля 1996 года первый энергоблок ЛАЭС после ввода в действие по завершении модернизации вышел на проектную мощность 1000 мегаватт.
2 сентября 1996 года по инициативе ЛАЭС, НИТИ, ВНИПИЭТ, Ленспецкомбината при поддержке мэра города, губернатора Ленинградской области, министра атомной энергии и министра общего и профессионального образования в г. Сосновый Бор был открыт учебно-научный Центр Санкт-Петербургского Государственного технического университета (ранее - политехнического). Руководителем Центра назначили А. П. Еперина.
В сентябре 1996 года был принят в промышленную эксплуатацию полномасштабный тренажер энергоблоков второй очереди ЛАЭС.