В июне 1999 года на чемпионате мира по пулевой стрельбе в американском городе Атланта воспитанник спортивного тира ЛАЭС Владимир Гончаров занял первое место в стрельбе из пневматического оружия.
Он был включен в состав сборной России для участия в Олимпийских играх 2000 года (тренеры чемпиона – Надежда Савицкая и Вадим Зинченко).
В сентябре 1999 года на Ленинградской АЭС работала международная комиссия по радиологической защите, членами которой являлись виднейшие ученые из девяти стран мира.
Комиссия положительно оценила высокую квалификацию персонала ЛАЭС и большую организационную работу, проводимую администрацией станции по повышению культуры безопасности.
«Члены главной международной комиссии по радиологической защите (ICKP) имели честь посетить станцию. От имени ICKP мы поздравляем персонал с достижениями в деле улучшения защиты окружающей среды, населения и рабочего персонала. Мы удовлетворены, узнав о снижении выбросов радиоактивных материалов, уменьшении доз облучения обслуживающего персонала. Предназначение ICKP – способствовать защите людей. Мы уверены, что защита на Ленинградской АЭС осуществляется персоналом на хорошем уровне. Спасибо вам и желаем дальнейших успехов» (Из обращения председателя комиссии, профессора из Великобритании Роджера Кларка к персоналу ЛАЭС).
В ноябре 1999 года комиссия центрального округа Госатомнадзора проводила плановую комплексную инспекцию на Ленинградской АЭС.
Вывод комиссии был следующим: «Ядерная и радиационная безопасность на Ленинградской АЭС находится в удовлетворительном состоянии», что является довольно высокой оценкой Госатомнадзора.
24 декабря 1999 года Ленинградскую атомную станцию посетил председатель правительства Российской Федерации Владимир Владимирович Путин.
В ходе визита он посетил энергоблок, пообщался с персоналом и провел тридцатиминутное совещание.
31 декабря 1999 года на ЛАЭС были предприняты все необходимые меры по предупреждению и ликвидации возможных отклонений в работе компьютерных систем станции в связи с переходом в 2000 год.
В новогоднюю ночь на рабочих местах находились руководители станции и группа инженерной поддержки, в состав которой входили физики, программисты и прибористы.
4 февраля 2000 года Ленинградский областной суд признал незаконной забастовку трудового коллектива ЛАЭС, объявленную на 5 февраля и предполагавшую снижение мощности реактора.
Губернатор Ленинградской области Сердюков В. П. заявил, что главной причиной забастовки трудового коллектива ЛАЭС является то, что Санкт-Петербург не расплачивается с ОАО «Ленэнерго» за потребленную электроэнергию (долг составлял 1377 млн руб.), а ОАО «Ленэнерго», в свою очередь, не может расплатиться с Ленинградской АЭС (долг перед ЛАЭС - 640 млн руб.).
13 февраля 2000 года прошло очередное заседание конференции трудового коллектива ЛАЭС с участием заместителя министра по атомной энергии Е. Федорова, депутата ГД Н. Ботки и заместителя председателя ЦК отраслевого профсоюза И. Градобитова.
С учетом решения областного суда от 4 февраля было принято решение отменить забастовку и провести митинг 20 февраля.
17 февраля 2000 года конференция трудового коллектива ЛАЭС приняла решение об объявлении забастовки с 28 февраля, направленной на невыполнение плановых ремонтных работ на первом энергоблоке, за исключением систем безопасности.
В феврале 2000 года фракция «Единство» Государственной Думы РФ приняла решение направить своих представителей – депутатов ГД для работы в составе согласительной комиссии по разрешению конфликта на ЛАЭС, а также обратилась в Генеральную прокуратуру России и Федеральную службу налоговой полиции с просьбой проверить финансово-хозяйственную деятельность ЛАЭС.
В феврале 2000 года администрация ЛАЭС обратилась в Арбитражный суд Санкт-Петербурга и Ленинградской области с исковым требованием взыскать задолженность энергосистемы перед атомщиками, превысившую 800 млн руб.
28 февраля 2000 года администрация ЛАЭС и глава муниципального образования не согласовали минимум работ, необходимых для нормального обеспечения работы ЛАЭС, который должен выполняться в период забастовки трудового коллектива, поэтому на очередном заседании трудового коллектива было принято решение обратиться к исполняющему обязанности президента РФ Путину В. В. с просьбой рассмотреть вопрос о коллективном трудовом споре на ЛАЭС и защите конституционного права коллектива на забастовку. В связи с этим начало забастовки было перенесено на 11 марта.
9 марта 2000 года трудовой коллектив Ленинградской АЭС и директор станции В. И. Лебедев пришли к согласию в разрешении возникшего на предприятии трудового спора и подписали взаимовыгодное соглашение, по которому к 1 июля администрация предприятия обязалась погасить задолженность по выплате заработной платы работникам предприятия. Намеченная на 11 марта забастовка трудового коллектива была отменена. Таким образом, конфликт, длившийся четыре месяца, был урегулирован.