Храм Илии Пророка был построен в веке на территории Ильинского монастыря г. Пскова. Время его основания неизвестно, но летопись упоминает о нем в 1465 году по случаю пожара.
В древности значительная часть Запсковья была покрыта болотом, поэтому основанный здесь Ильинский мужской монастырь звался «Ильей Мокрым», так как в Пскове был еще один Ильинский храм на Завеличье и назывался он Илья Сухой (разрушен после второй секуляризации Петра I).
Каменная церковь Илии Пророка была построена в 1677 году игуменьей Феодорой.Здесь находился Ильинский Запсковский женский монастырь, упраздненный в 1764 году. Неизвестно, когда возник мужской монастырь, ставший потом женским.
После упразднения монастыря в 1764 г. церковь была приходской, затем указом Псковской духовной консистории от 1 сентября 1786 года приписана к церкви Космы и Дамиана с Запсковья.
В 1868 году через 104 года трудами игумении Серпуховского монастыря Митрофании учреждена женская община сестер милосердия при храме Илии Мокрого.
Ильинская церковь с 1868 года стала самостоятельной, со штатом, содержавшимся на средства общины сестёр милосердия.
Спустя некоторое время община сестёр милосердия стала испытывать денежные затруднения, содержать церковь стало тяжело, и указом Синода от 3 декабря 1873 года церковь вновь приписана к церкви Космы и Дамиана.
В 1907 году в доме Ильинской общины размещалось женское училище. А в 1920 году под нажимом новой власти Церковь Илии Пророка была передана приходу.
В 1994 году церковь в весьма плохом состоянии передана Псковской Епархии. Поначалу она была приписана к церкви Александра Невского, затем стала самостоятельной. В конце марта 1994 года в церкви начались богослужения.