В годы Великой Отечественной войны работа этой службы была признана одной из самых эффективных в мире. Вместе с тем «Смерш» - секретное объединение профессионалов контрразведки и оперативно-разыскной деятельности.
Весной 1943 года в СССР усилилась борьба со спецслужбами противника, нужно было собирать оперативные данные о немецких разведывательных органах. Для этого вели зафронтовую работу по проникновению в спецорганы врага на оккупированных территориях. Военная контрразведка, как и армия, перехватила стратегическую инициативу.
Решение о создании новой спецслужбы принял лично Иосиф Сталин. Он обсудил этот вопрос с начальниками особых отделов фронтов, армий и руководителями центрального аппарата. 19 апреля 1943 года Совет народных комиссаров СССР постановил «Управление Особых Отделов НКВД СССР изъять из ведения НКВД СССР и передать Народному Комиссариату Обороны, реорганизовав его в Главное Управление Контрразведки НКО «Смерть шпионам». Название также придумал Верховный Главнокомандующий.
Специалисты должны были бороться со шпионской, диверсионной, террористической и другой подрывной деятельностью иностранных разведок в частях и учреждениях Красной Армии, бороться с антисоветскими элементами, предателями и изменщиками родины, дезертирами. Начальником «Смерша» Сталин назначил молодого и опытного 35-летнего комиссара госбезопасности Виктора Абакумова. Он возглавлял Управление особых отделов НКВД СССР с 19 июля 1941 года.
В июле 1943 года контрразведчики Центрального фронта обезвредили 15 разведывательно-диверсионных групп противника, затем предотвратили теракт в отношении будущих маршалов Победы Рокоссовского и Говорова, а в 1944 году и в отношении самого Сталина. В годы войны удалось обезвредить более 30 тысяч шпионов, 3,5 тысячи диверсантов и 6 тысяч террористов.
Стоит отметить, что благодаря работе «Смерша» ни один стратегический план советского командования не стал достоянием немцев. Армию и флот оградили от подрывников-фашистов и их союзников. Противника регулярно дезинформировали, поставляя достоверные данные Рокосовскому.
«Смерш» создал и успешно реализовывал так называемые «радиоигры». Они арестовывали заброшенных в тыл немецких парашютистов, от их лица передавали вражеской разведке радиограммы об успехах несуществующих боевых групп. Благодаря радиоиграм на советскую сторону было выведено и арестовано более 400 сотрудников и агентов немецкой разведки, захвачено большое количество шпионского снаряжения, оружия.
В августе и сентябре 1945 года военные контрразведчики участвовали в Маньчжурской наступательной операции по разгрому Квантунской армии. Группы «Смерш» вместе с Красной армией захватывали здания японских разведывательных и полицейских органов, изымали документы японской разведки, арестовывали вражеских агентов.
Органы контрразведки достойно выполнили все задачи, возложенные руководством страны. Об успешно проделанной работе свидетельствуют слова противника – генерал-фельдмаршала Кейтеля, главы разведки Главного управления имперской безопасности Шелленберга и других.
Лучшими сотрудниками «Смерша» были опытные офицеры особых отделов, командиры и политработники, работники территориальных органов безопасности, милиции и выпускники вузов. Бывало и так, что им приходилось принимать на себя командование подразделениями, потерявшими командиров. В их числе: Иван Устинов, Леонид Иванов, Александр Матвеев, Марина Раскова. Многим контрразведчикам посмертно присвоили звания Героя Советского Союза.
«Смерш» реорганизовали в 1946 году, спустя три года после создания, несмотря на то, что есть оставалось бандподполье на Украине и в Прибалтике, не всех нацистов поймали. Руководитель Департамента военной контрразведки ФСБ России с 2000 по 2015 год, генерал-полковник Александр Безверхний подчеркнул, что эти органы были созданы в условиях перехода Красной армии к наступательным операциям. Их работа не была рассчитана на мирную жизнь. Но страна, безусловно, гордится ветеранами «Смерша», которые выполнили свой долг в военное время.