Сюжет «Мстителей: Секретные войны» студия Marvel держит в секрете. Скорее всего, авторы будут вдохновляться комиксами серии «Секретные войны», в которых рассказывают о крупных столкновениях супергероев и суперзлодеев. Фильм войдет в «Сагу Мультивселенной», поэтому в основу сюжета могут лечь «Секретные войны» Джонатана Хикмана и Рибича Эсада. В комиксах авторов есть мультивселенские разборки и мощный злодей Доктор Дум.
