Миссия на Маване (26 ДБЯ):
Через шесть лет после событий на Набу Йода отправился с дипломатической миссией на планету Маван. Его сопровождали Йаддль, Оби-Ван Кеноби и Энакин Скайуокер. Целью миссии было прекращение опустошительной гражданской войны между тремя преступными группировками, которые возглавляли хатт Декка Бесадии Диори, маванка Фиана Тала и загадочный Страйкер, который в действительности являлся Грантой Омегой, сыном тёмного джедая Ксанатоса и заклятым врагом Оби-Вана Кеноби. Омеге удалось похитить Скайуокера, и, как и предвидел хитроумный преступник, на помощь ему пришла Йаддль. Гранта предоставил мастеру-джедаю два варианта действий: либо она выручает Избранного, либо спасает Маван, чьё население Гранта пригрозил уничтожить при помощи химического оружия — облака ядовитого газа. Освободив Скайуокера, Йаддль вдохнула в себя облако газа, тем самым спасая маванцев от гибели. Хотя Энакин и Оби-Ван были страшно опечалены потерей мудрого мастера-джедая, при поддержке Йоды они смогли восстановить на Маване порядок и спокойствие.
Покушения на сенатора Амидалу:
Через восемь лет после кризиса на Набу несколько тысяч звёздных систем, разочаровавшись в Галактической Республике из-за непосильных налогов, отделились от неё и создали Конфедерацию независимых систем, главой которой стал граф Дуку, бывший ученик Йоды, покинувший Орден из-за разъедающей Республику коррупции. Два года спустя, после того, как Галактический Сенат, правящий орган Республики, поставил на обсуждение вопрос о создании постоянной армии, на жизнь сенатора от Набу Падме Амидалы, страстной противницы этого проекта, было совершено по меньшей мере два покушения. Оби-Вану и Энакину удалось выследить убийцу, но в последний момент она сама была убита таинственной личностью в мандалорских доспехах, который после этого привёл в действие реактивный ранец и скрылся. Это событие побудило Совет, который тогда возглавлял Йода, поручить Оби-Вану Кеноби выследить его.
Армия клонов:
Исследовав отравленный дротик, которым была убита Зам Уэссел, Оби-Ван выяснил, что он был изготовлен на планете Камино. Отправившись туда, он обнаружил там огромную армию клонов, созданную, как ему разъяснили, по заказу покойного мастера-джедая Сайфо-Диаса. Оби-Ван сообщил об этом членам Совета Йоде и Мейсу Винду, которые ничего не знали о создаваемой армии. Оби-Ван нашёл также человека, который послужил донором генетического материала для создания клонов — охотника за головами по имени Джанго Фетт. Подозревая, что именно он причастен к покушениям на сенатора Амидалу, Кеноби попытался арестовать его, но Фетту удалось бежать.
В ожидании доклада Кеноби Йода медитировал. Внезапно он услышал голос Квай-Гона Джинна, а затем почувствовал, что что-то случилось с Энакином Скайуокером. Йода не знал, что в этот момент на руках Энакина умерла его мать, но чувствовал, что юному падавану сейчас «…больно. Очень больно».
Кеноби тем временем отследил Фетта до Джеонозиса. Там он выяснил, что Конфедерация независимых систем создаёт армию дроидов. Оби-Ван успел передать эту информацию Энакину Скайуокеру, прежде чем был запеленгован и схвачен. Энакин, в свою очередь, ретранслировал его сообщение в Храм джедаев на Корусанте. Принятое сообщение побудило Сенат делегировать Верховному канцлеру (которым в то время был Палпатин) неограниченные полномочия, в частности, право объявлять войну и двигать войска без согласования с Сенатом. Сенатор Амидала и Энакин, прослушав сообщение, отправились на Джеонозис, чтобы предпринять попытку спасти Кеноби, но преуспели только в том, что также были схвачены. Мейс Винду сформировал ударную команду из джедаев, чтобы освободить всех троих, а Йода, в свою очередь, отправился на Камино, чтобы выяснить правду об армии клонов и привести её часть на Джеонозис.
Войны клонов (22 ДБЯ — 19 ДБЯ):
Битва на Джеонозисе:
В 22 ДБЯ Йода в звании высшего генерала Республики принял участие в битве на Джеонозисе, когда армия республиканских солдат-клонов впервые была опробована в бою. Он возглавил отряд, которому было поручено спасти Оби-Вана, Энакина и Падме Амидалу от казни на арене, приготовленной им Конфедерацией независимых систем, известных также под именем «сепаратисты».
Сражение началось с того, что на арену высадилась ударная группа джедаев во главе с Мейсом Винду. Там они столкнулись с огромной армией дроидов под командованием графа Дуку. Силы оказались слишком неравными, и джедаи, неся тяжёлые потери, вынуждены были занять круговую оборону. В этот момент на Джеонозис прибыл Йода во главе контингента армии клонов. Он принял командование незадолго до того, как почувствовал возмущение в Силе.
В разгар битвы Йода сразился с лидером сепаратистов графом Дуку, который когда-то был его учеником. Отклонив молнию Силы, применённую им, Йода понял, что Дуку обратился к Тёмной стороне и стал лордом ситхов. С виду неповоротливый и старый, Йода продемонстрировал невиданное мастерство владения световым мечом (форма 4 владения световым мечом, отличительными чертами которой является использование Силы для выполнения невероятных акробатических приёмов). Это противоборство закончилось, когда граф Дуку, решив спастись бегством, использовал Силу, чтобы обрушить опорный столб на раненых Оби-Вана и Энакина. Йода, также используя Силу, предотвратил обрушение массивной конструкции на двоих джедаев, но этого времени хватило для Дуку, чтобы сбежать.
Хотя битва на Джеонозисе закончилась под руководством Йоды победой Республики, Орден джедаев понёс тяжёлые потери. Более того, тысячелетняя эпоха мира, существовавшего с Седьмой битвы при Русаане, закончилась. Йода чувствовал, что Войны клонов будут долгим и опасным периодом как для Республики, так и для самого Ордена, и что они потрясут галактику до самого ядра. Йода, наряду с другими мастерами-джедаями, был вынужден стать генералом и сражаться в многочисленных битвах по всей галактике.
Сын Джаббы Хатта:
Вскоре после битвы на Джеонозисе, в 22 ДБЯ, Йода присвоил юной тогруте по имени Асока Тано звание Падавана и назначил её ученицей Энакина в надежде, что это сделает Скайуокера более ответственным. Совет джедаев решил, что независимость девушки поможет её наставнику научиться преданности. Энакин в это время находился с боевым заданием на планете Кристофсис, и девушка отправилась туда. Там она приняла участие в битве, проявив достойные джедая мужество и находчивость. По завершении битвы на планету прилетел Йода и дал им новое задание: разыскать похищенного сына Джаббы Хатта — Ротту. Его освобождение могло способствовать заключению соглашения между Республикой и хаттами о торговых маршрутах через Внешние Миры.
Энакину и Асоке удалось найти Ротту в подземельях монастыря на планете Тет. К несчастью, в то время, как учитель и ученица пытались «упаковать» в рюкзак Ротту, все их действия были засняты на голокамеру. Запись была передана графу Дуку, и тот предъявил её Джаббе как доказательство того, что к похищению его сына якобы причастны джедаи. Ситуация, таким образом, многократно осложнилась: теперь Энакину и Асоке необходимо было не только вернуть ребёнка Джаббе, но и восстановить доброе имя Ордена.
Преодолев многочисленные препятствия (в частности, потеряв корабль), они доставили малыша на Татуин к его отцу, однако хатт не поверил джедаям и приказал убить их. К счастью, в этот момент включилась голограмма, на которой сенатор Амидала предъявила доказательства, что в похищении Ротты виновен дядя Джаббы, Зиро. Узнав об этом, хатт согласился подписать договор о свободном проходе кораблей Республики через миры Внешнего Кольца с условием, что граф Дуку будет отдан под суд. Джедаи доложили о выполненном задании Йоде, и тот вывез их с Татуина.
Продолжение следует...