Зависит от источников финансирования деятельности НКО. Если Организация получает деньги из бюджета, то обязательно надо разделить.
Т.е., если НКО является государственной (муниципальной) и выполняет государственное/муниципальное задание (ст. 69.2. Бюджетного кодекса РФ), то очевидно, что ей нужно обязательно привести в единообразие свои виды деятельности и это задание и сделать эти виды основными, т.к. через них реализуется цель создания. А всё остальное, - если ей это позволено, - уходит в виды деятельности, приносящей доход.
Несмотря на то, что для частной НКО эти требования избыточны и нецелесообразны, всё же есть смысл придерживаться определенных формулировок ,если НКО рассчитывает на финансирование из бюджета.
Например, образовательная деятельность. Общеобразовательная организация имеет право на получение субсидий на обучение по образовательным программам разного уровня. Общеобразовательная организация по определению является типовой и создается для реализации основной цели - реализация образовательных программ начального, основного и (или) среднего общего образования.
Очевидно, что частная образовательная организация изначально создается, чтобы осуществлять свою деятельность за плату. Но в случае если основные виды деятельности закреплены и обособлены, то Организация вправе получить субсидии, а остальные продолжать реализовывать за плату.