Деревня Зехнова, расположенная на южном побережье озера Кенозеро, является одним из наиболее древних кенозерских поселений. В XIX веке деревня относилась к Ряпусовскому сельскому обществу, которое входило в Кенозерскую (Вершининскую) волость Каргопольского уезда Олонецкой губернии. В 1919 году в результате административных преобразований Каргопольский уезд был присоединен к Вологодской губернии, а в 1929 году кенозерские деревни были включены в состав Приозёрного района Няндомского округа Северного края. В 1937 году Приозёрный район был передан Архангельской области. В 1954 году деревня Зехнова, ранее относившаяся к Ряпусовскому сельскому совету, была присоединена к Кенозерскому сельсовету, который с 1963 года вошёл в состав Плесецкого района Архангельской области. К середине XIX в. в селении насчитывалось 16 дворов. В 1895 г. в деревне проживало 175 жителей, в 1943 г - 35 хозяйств, 139 чел. В конце 1960 - нач. 70-х гг. были закрыты фермы и школа, население перебралось в Вершинино.