Неизвестный вирус вызвал такие симптомы, как лихорадка, головная боль, головокружение и рвота, и органы здравоохранения страны пытаются сдержать его распространение.
По сообщениям местных СМИ, район Базиро был закрыт на карантин после того, как двое зараженных были перевезены туда для лечения.
Медсестра из медицинского центра Мигва сказала, что болезнь "быстро убивает", и все три случая смерти произошли в течение 24 часов после появления симптомов.
Министерство здравоохранения Бурунди уже исключило Эболу и Марбург и внимательно изучает вирус, который, судя по всему, является заразным геморрагическим жуком.
Это произошло после того, как соседняя Танзания объявила о вспышке марбургской инфекции в начале этого месяца, и Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила об "очень высоком" риске для окружающих стран.
В июле прошлого года врачи были направлены в Бурунди для расследования загадочной болезни "кровь из носа" на юге Танзании, которая унесла жизни трех человек.