В морских водах неподалеку от Антарктиды военный корабль Военно-морских Сил Америки "Дью" проводит тайную операцию, которую им поручило руководство государства.
Вот только о том, что в действительности делает этот корабль вблизи Антарктиды, знали лишь отдельные члены экипажа. На борту "Дью" также находилось группа самых лучших ученых, которые должны провести на этой территории некоторые исследования, но какие конкретно никто не знал.
Через некоторое время происходит чрезвычайное событие, которое повергает в шок всех членов экипажа. Во время того, как ученые проводили очередное исследование на огромной льдине, на эсминец напала неизвестная сила, и военным лишь чудом удалось отбить это нападение.
Командир "Дью" решил выяснить все у своего начальства, и то, что он узнал, стало для него настоящим ударом. Как оказывается ровно семь месяцев, именно в то время когда их корабль отправили в плаванье, на территории Каира был обнаружен неизвестный смертоносный вирус, который распространялся просто молниеносно, поэтому было принято решение незамедлительно разработать противоядие.
За эту работу в сериале «Последний корабль 3 сезон» взялась доктор Скотт, и ее вместе с экипажем эсминца отправляют к Антарктиде, чтобы она там со своими коллегами могла спокойно разработать антивирус. То нападение, которое было совершенно на экипаж, было как раз таки из-за доктора Скотт, ведь эти силы не хотят, чтобы она довела до конца свое дело. Чем же завершится это неравное противостояние?