Набожный царь Алексей Михайлович хотел сделать Москву центром вселенского православия (Московское царство к тому времени оставалось единственным независимым православным государством мира). Он считал себя наследником византийских императоров и даже планировал освободить Константинополь от османского ига. Его стремление находило благожелательную поддержку со стороны восточных иерархов, которые часто приезжали в Москву за пожертвованиями и воспринимались в России как наследники древней Византийской православной традиции. Постепенно сформировалась прогреческая партия во главе с царем, которая решила провести церковную реформу по исправлению русской богослужебной литературы на основе греческих оригиналов, т.к. оказалось, что есть существенные расхождении в обрядах (были случаи, что в греческих монастырях сжигали московские богослужебные книги, считая их еретическими!).
В 1654 г. по решению Переяславской рады Малороссия перешла под руку Москвы, которая до этого многие годы входила в Константинопольский патриархат и оказалось, что церковно-обрядовая жизнь малороссов также существенно отличалась от московской. По этой причине также было необходимо провести исправления богослужебной литературы для того, чтобы с малороссами не было конфликтов на религиозной почве.
Казалось бы, странное решение - Малороссия просится под покровительство, а книги исправляет Россия. Почему не наоборот? В сер. XVII в. в Московском государстве не было ни одного высшего учебного заведения (первая Славяно-греко-латинская академия откроется только в 1687 г.), и русское духовенство основное внимание уделяло вопросам обрядовости, а не богословской догматики, для изучения которой необходимо систематическое богословское образование. Отсутствие такого образования заведомо ставило в проигрышную позицию русское духовенство в религиозных диспутах с католиками и протестантами. Ближайшим высшим православным учебным заведением была Киево-Могилянская академия (открыта в 1632 г.), откуда и стали браться профессиональные кадры для проведения книжной справы (монахи Епифаний Славинецкий, Арсений Сатановский, Дамаскин Птицкий). Их задача состояла в том, чтобы заново перевести с греческого богослужебные книги и уточнить трактовки, т.е. ввести единообразие, при этом все догматы православия оставались прежними!
В 1652г. Никон стал патриархом и с одобрения царя возглавил проведение церковной реформы, которая заключалась в следующем: произошло редактирование Священного Писания, богослужебных книг (незначительно изменился славянский перевод "Символа веры", Исус стал писаться Иисус и др.); исправить некоторые церковные обряды (устранить многоголосие (хор пел псалмы одновременно с чтением молитвы для сокращения времени службы, невозможно было что-то разобрать), крестный ход стал осуществляться против солнца и др.); креститься тремя перстами, двумя было признано ошибочным; объявлялась борьба с пороками (пьянство, нарушение обрядов и др.) и повышение уровня богословского образования духовенства.
В 1653 г. Никон разослал «память» по всем церквям с указанием нововведений. Церковный собор 1654 г. одобрил все изменения.
Своих оппонентов протопопа Аввакума, Неронова и др. Никон отправлял в ссылки. Они же яростно с ним дискутировали, традиционно апеллируя к "доброму" царю, но тот устранился от богословских споров и вскоре стал для оппонентов Никона врагом.
Церковный собор 1656 г. отлучил от церкви всех сторонников старых обрядов (их стали называть старообрядцы/староверы), что привело к расколу в Русской православной церкви. Идеологом старообрядцев стал протопоп Аввакум, который еще в недавнем прошлом был другом Никона и участником влиятельного кружка "ревнителей древнего благочестия" во главе с царем.
Никон стремился к признанию церковной власти выше светской, хотел стать как патриарх Филарет, но в отличие от него был выходцем из крестьян. Во время отлучек царя (на Русско-польскую войну 1654-1667 гг.) Никон фактически становился главой государства. Алексей Михайлович доверял патриарху управлять страной и руководить всеми правительственными делами. Однако непомерная гордыня Никона, упоение властью и его вспыльчивый характер привели к конфликту с боярской Думой (часто Никон повелевал боярами и даже оскорблял их). Вскоре выходки патриарха настроили против него самого царя, который перестал посещать службы патриарха.
В 1658 г. патриарх по сути оставляет свою кафедру и уезжает в Новоиерусалимский монастырь. План заключался в следующем, Никон думал, что церковные иерархи и сам царь оставшись без главы церкви пойдут к нему на поклон.
Однако этого не случилось, занятое кровопролитной Русско-польской войной государство закрывало глаза на отсутствие патриарха фактически на протяжении 10 лет. В итоге Церковный собор 1666 -1667 гг., на котором присутствовали Александрийский и Антиохийский патриархи, сделал Никона простым монахом и отправил в ссылку, где в 1681 г. он скончался.
Этот же собор проклял всех староверов, сторонников Аввакума отправляли в ссылки и казнили, его самого сожгли в 1682 г. (в старообрядческой церкви Аввакум почитается как священномученик и исповедник).
Староверов поддерживали некоторые представители знати: боярыня Морозова, ее сестра кн. Урусова (умершие от пыток в тюрьме), кн. Хованский. Много было раскольников среди купцов и казаков.
Апогеем раскола XVII в. стало сопротивление монахов во время Соловецкого восстания 1668-1676 гг. Из-за отказа монастыря признать "никоновские новины" центральная власть в 1667 г. приняла строгие меры, распорядилось конфисковать все вотчины и имущество монастыря. Годом позже на Соловки прибыли царские полки и приступили к осаде монастыря. Поморские жители всячески помогали прославленной обители и только предательство монаха перебежчика, показавшего потайной ход, позволило царским войскам подавить сопротивление.
В итоге гонения на раскольников усилились, а сами староверы устраивали массовые голодовки со смертельным исходом и так называемые «гари» (самосожжения), чтобы не попасть в руки "власти антихриста" (т.е. Московского царства) и не загубить бессмертную душу.
Таким образом реформа позволила провести: унификацию богослужения, иконописи и богослужебных текстов; произошла централизация РПЦ и усиление контроля за деятельностью духовных лиц и верующих; продолжилось развитие богословского образования. Однако церковная реформа привела к расколу русского общества и по сути к латентной религиозной войне на протяжении веков (Восстание Степана Разина, Пугачевское восстание и даже Революция 1905-1907 гг., где прослеживается ощутимый элемент старообрядчества), с большим количеством жертв тяжело поддающихся учету за отсутствием необходимого массива источников.