В апреле 1950 года Ванино был передан из системы Дальстроя МВД СССР Министерству Морского флота.
От Дальстроя порту досталось весьма потрепанное хозяйство: три пирса в бухте Ванина и один пирс в бухте Мучка, 25 складов и 22 насыпные площадки, один паровой железнодорожный кран грузоподъемностью 15 тонн, буксирный катер «Ударник», который в дальнейшем за ветхостью был поставлен в порту на стоянку (в нем располагалось общежитие и клуб одновременно, в каютах жили семьи работников порта до 1955 года).
Министерство морского флота на организационный период командировало в Ванино из других портов страны 46 оперативных работников, на постоянную работу 12 инженерно-технических работников и 33 работника оперативного состава. Первым начальником самостоятельного порта назначен в июне 1950 года уроженец Одессы Николай Владимирович Статин. Николай Владимирович до этого работал заместителем начальника морского порта Одессы, начальником Николаевского-на-Амуре морского порта. Остальные работники нанимались на месте, часто из числа заключенных, имевших нужную квалификацию. В августе 1950 года Совет Министров СССР распространил на работников порта льготы, установленные для работников Крайнего Севера. Это усилило поток прибывающих сюда со всей страны специалистов и рабочих.
Люди прибывали со всех концов страны, а селить их было негде. Первые портовики, приехавшие в Ванино, работали и жили в исключительно тяжелых условиях. Многие жили в палатках. Жилой фонд состоял из 12 неблагоустроенных бараков в Токах и в Мучках, в 12 километрах от Ванино. Доставляли людей на работу зимой и летом арендованной у Дальстроя открытой грузовой машиной. Счастливчиками считались те, кто мог устроиться жить в здании морвокзала, им не приходилось долго добираться на работу. Срочно началось строительство «финского» поселка, получившего свое название от проекта быстровозводимых сборных домиков. Сначала было намечено поставить 25 финских домов, но из-за большого количества приезжающих, число таких домов было увеличено в несколько раз. Дальше уже началось капитальное строительство, на участке, где сейчас и находится посёлок Ванино.
Порт еще не был полностью принят, а уже в его адрес с июля 1950 года начали поступать грузы прямого и смешанного направления. На полугодие порту был утвержден план в объёме 170 тысяч тонн. План был выполнен только на 43%.
При всей суете и неразберихе, неудовлетворительном состоянии портового хозяйства и уровне механизации, вторая половина 1950 года имела исключительное значение для развития будущего морского порта. За полугодие были смонтированы и начали работу портальный кран «Клайд» грузоподъемностью 50 тонн, портальный кран «Деррик» грузоподъемностью 15 тонн, два железнодорожных паровых крана, железнодорожный дизельный кран «УНРУ-ЛИБИЧ» грузоподъемностью 50 тонн, 4 автопогрузчика, контейнерные линии протяженностью 142 метра.
К 1951 году был утвержден генеральный план строительства порта. Именно 1951 год принято считать началом первого этапа самостоятельного развития порта, который занял восемь лет.