Жители Сан-Франциско привыкнули к землетрясениям, так как рядом с городом проходит разлом Сан-Андреас. Так что временами по городу проходили небольшие землетрясения, что приводило к небольшим разрушениям, но о серьезной опасности никто из жителей города не думал. Никогда ранее эпицентр мощного землетрясения не находился непосредственно под центром большого города. Несмотря на то, что Сан-Франциско был одним из процветающих городов Америке на западном побережье, мощное землетрясение не прошло мимо города.
В 5:12 утра жители города проснулись от первого толчка, через 20—25 секунд за ним последовал главный удар, в следующие 45—60 сек началась серия толчков. Основной ущерб (до 80%) был нанесен пожарами, продолжавшимися четверо суток. Многие дома были подожжены своими же хозяевами, поскольку были застрахованы от пожара, но не от разрушения землетрясения. Тушение пожаров было затруднено тем, что система водоснабжения города была разрушена. Наибольшим разрушениям были подвержены здания, построенные на насыпном грунте. В случае движения земли эти почвы ведут себя как жидкость. Не случайно жители города с низким доходом подверглись наиболее жестокому удару землетрясений. Процветающий город превратился в пылающие развалины. При этом ситуация усугублялась гигантским облаком пыли, которое взметнулось в небо и затмило солнце. Весь Сан-Франциско погрузился во тьму, на фоне которой горели зарева пожарищ.
Сразу после катастрофы было официально объявлено о 498 погибших в Сан-Франциско, 102 в Сан-Хосе и 64 в Санта-Розе. Сейчас эта цифра признана сильно заниженной,. В настоящее время общее число погибших оценивается в 3000 человек. Из 410-тысячного населения Сан-Франциско 225 000—300 000 остались без крова. Общий ущерб от землетрясения и пожаров оценивался в 1906 году в $ 400 млн.