Управленческий учет больше предназначен для оценивания "реальной" картины в бизнесе. Чаще всего ведут в excel или каких-то программах наподобие "Фин табло". Они по сути копируют друг друга и ничем не отличаются. Но так или иначе не дают полной функциональности и предназначены уж для совсем простого бизнеса. Лучше excel пока ничего не придумали. Есть конечно SAP очень дорогой, вместо 1с, либо 1с с доработками.
Суть управленческого учёта сводится к отражению операций, которые в бухгалтерском или налоговом учете нельзя отразить так, как хочется. Например, завести денежные средства в организацию можно путём процентного займа от учредителя. В бухгалтерском и налоговом учете для Вас это будут расходы. А в управленческом учете - это будет инвестиция, которая потом будет участвовать в расчетах инвестиционных коэффициентов.
Если говорить об автоматизации этих процессов, то на текущий момент в этом есть очень большой пробел на рынке. Есть то, что предлагают для малого бизнеса или микро бизнеса. Но какого-то решения для среднего бизнеса не существует. Либо excel, либо 1с + программист + человек, который понимает, что должно быть.