Лесные волнения происходили почти повсеместно в округе, но наибольший их размах наблюдался в Павловском, Барнаульском и Бийском имениях. Часто выступления проходили одновременно в нескольких населенных пунктах. Имеется много документов, подтверждающих массовые порубки леса в селениях Саранском, Фунтиково, Нечунаевском, Сыропятском, Зеркальном, Боровском, Костином Логе, Серебряковой, Воронихе, Зиминой, Тюменцевой, Усть-Мосихе и др.
Крупнейшие волнения произошли в марте 1906 г. в с. Гилев Лог. Полиция и стража, пытавшиеся вывезти секвестрованный лес, встретили вооруженное сопротивление со стороны толпы, более чем в 2 тыс. чел., в которой было много женщин и подростков. Крестьяне были вооружены кольями, вилами, топорами и даже огнестрельным оружием. В результате каратели были вынуждены спасаться бегством.
Крупные крестьянские волнения вспыхнули 20 декабря 1905 г. в с. Змеиногорском. В день ярмарки крестьяне разгромили квартиры исправника, крестьянского начальника и управляющего лесным имением, контору имения, винную лавку и три купеческих магазина. Выступление было подавлено на следующий день вооруженной силой, 4 крестьянина были убиты дружиной из «местных благонадежных обывателей». Эти события послужили толчком к усилению движения в уезде, начались массовые порубки целыми обществами в Колыванском и Змеиногорском борах, остановились всякие денежные поступления в имения от населения.
Борьба против полиции и местных властей нередко принимала форму ожесточенных вооруженных столкновений. Чаще всего крестьяне брались за оружие в ответ на действия карателей. По некоторым данным, вооруженные столкновения имели место в 22 селениях округа (Гилев Лог, Камень, Белово, Ново-Покровка, Улала и др.). Особенно сильным было вооруженное восстание крестьян в с. Завьялово Шутовской волости Бийского уезда. Поводом послужило вступление в село 17 января 1907 г. в связи с массовыми порубками двух карательных отрядов.
В перестрелке, возникшей при разгоне большой и сильно возбужденной толпы, несколько человек было убито и ранено. В волнениях приняли участие крестьяне 12 окрестных селений: Быстрого Истока, Паутово и др.В с. Быстрый Исток имелась нелегальная революционная организация, во главе которой стояли братья Казанцевы. В ночь на 18 января 1907 г. они набатом церковного колокола собрали около 5 тыс. крестьян. Крестьяне разгромили дом лесного смотрителя, забрали хранившееся там оружие, а затем огромной толпой двинулись в Завьялово, находившееся в 10 км, чтобы дать отпор карателям, напавшим на село.
Во время перестрелки были убитые и раненые. 21 января в селе вновь собралось около 5 тыс. вооруженных крестьян из окрестных селений. Исправник просил для подавления волнений «усиленных войск», в том числе артиллерию. Восстание приняло столь угрожающий характер, что вопросом о подавлении его занялся даже Столыпин, который распорядился «...действовать самым решительным образом и подавить движение силой оружия».
23 января в район восстания была выслана еще одна рота войск с двумя орудиями. Только после этого восстание было подавлено. Власти арестовали 92 чел. Руководители восстания (48 чел.) были сурово осуждены и приговорены к каторге и тюремному заключению. Восстание в Бийском уезде было одним из самых крупных в Сибири периода 1905-1907 годов.