Судьба самого юного российского императора очень печальна. Стал наследником престола ещё до рождения, уже в младенчестве был свергнут и отправлен в заточение, где потерял всякую связь с внешним миром, затем его пытались спасти, что закончилось смертью несостоявшегося правителя. И даже останки Иоанна Антоновича не получили достойного упокоения. Нельзя со стопроцентной уверенностью утверждать, где они находятся, есть лишь версии, о которых сейчас и дойдёт речь.
У Иоанна VI нет даже надгробия. Вероятно, проводить пышные похороны императрица Екатерина II не стала, опасаясь, что смерть законного наследника престола сможет пошатнуть корону на ее голове. Так что тело захоронили тайно.
Известны лишь два документа по поводу погребения Иоанна — ордер Панина коменданту Шлиссельбурга полковнику Бередникову: «Мертвое тело безумного арестанта предать земле в церкви или в каком другом месте, где б не было солнечного зноя и теплоты». Второй - это распоряжение императрицы тому же Панину: «Безымянного колодника велите хоронить по христианской должности в Шлиссельбурге без огласки же». Причём документы со сведениями о том, где конкретно и как был похоронен «безумный арестант», в архивных делах не обнаружены.
Одни исследователи считают, что останки Иоанна Антоновича увезли хоронить в Тихвинский Богородицкий монастырь.
По другой версии, «известный арестант» был похоронен в Шлиссельбургской крепости. Это не официальная информация, но самая популярная. В Шлиссельбурге на месте его предполагаемой могилы воздвигли собор пророка Иоанна Предтечи. Он был заложен в 1776 году, хотя особой необходимости в ещё одном храме в крепости не было. Маркиз де Кюстин в своих воспоминаниях о посещении Шлиссельбургской крепости пишет, что могилу Иоанна Антоновича ему показал комендант крепости, за церковью, под розовым кустом. Маркиз даже сделал вывод: «В России жертвы произвола могил не имеют». Так что вероятно, что останки Иоанна Антоновича лежат рядом с фундаментом собора.
В 2010 году археологи заявили об идентификации найденных в церкви Успения Богородицы в Холмогорах останков как императорских. Утверждалось, что тело убитого императора нашли при раскопках на территории разрушенной при советской власти церкви. Доказательства были следующие: тело находилось в гробу из карельской сосны, причем слишком толстой - стало быть, предназначалось для транспортировки, а не обычного захоронения. Сосна была карельской (т.е. недалеко от Шлиссельбурга) и датируется 1758 годом - то есть дерево росло незадолго до убийства. Исследования скелета показали, что рост и возраст убитого совпадают с царским, раны были нанесены именно так, как описывались в литературе, шпага воткнута по рукоять. Кроме того, эксперты обнаружили на черепе травму, причиненную в 6-месячном возрасте итальянским трехгранным стилетом. Также коленные чашечки скелета уплощены, как если бы покойный с младых лет много времени проводил в молитве.
Однако Институт археологии РАН выразил сомнение в подлинности предполагаемых останков Иоанна VI. Сами исследования велись неофициально, без научной методики и разрешения на археологические раскопки и под руководством частного лица. Так что верить этой информации мы не можем. Выяснить все поможет генетическая экспертиза, но процедура, во-первых, очень дорогая. Во-вторых, полный генный материал собрать почти нереально: мать Иоанна захоронена под Благовещенской церковью Александро-Невской лавры, братья и сестры – в Дании. Захоронение отца так и не найдено. Так что на данным момент место захоронения императора-младенца - загадка, разгадать которую, конечно, очень хочется, но спешить в этом вопросе явно не стоит.