Церковь заложена на средства прихожан по проекту тобольского архитектора П. И. Прамана в 1833 г. вместо каменного храма, строившегося в 1811 г. приостановленного из-за повреждений в стенах. В церкви было два престола: для зимнего богослужения в трапезной с придельным алтарём во имя Покрова Богородицы, который освятили уже в 1836 г. и главный в честь Пророка Ильи – в летнем храме, завершенном в 1851 г. В 1884-1886 гг. на средства коммерции советника И. И. Игнатова и прихожан, был сооружен северный придел Покрова Богородицы. Алтарь в трапезной объединили с главным храмом вновь пробитой аркой. В 1893 г. художественный облик новых стилевых черт выполнил тобольский епархиальный архитектор Б. Б. Цинке. Говоря об истории Ильинской обители нельзя не упомянуть о служившем здесь ранее духовенстве.
Протоиерей Димитрий Андреевич Космаков служил в Ильинской церкви 53 года - с 18 ноября 1852 г. по 11 июля 1905 г. За заслуги перед Отечеством Димитрию Андреевичу был жалован дворянский титул и орден Андрея Первозванного. 3 марта 1910 г. в храме прихожане прощались с протоиереем Дмитрием Андреевичем, прослужившим в сане священника 60 лет. Похоронен у стен церкви.
У Космакова было 6 детей, пятеро из них умерли в раннем возрасте, и только сын - Николай Дмитриевич, так же избравший путь духовного служения, прожил более 30 лет. Жизнь иерея Николая сложилась трагически. Иерей Николай был временно направлен в полк недалеко от Тюмени, заразился тифом, вернувшись домой, отошел ко Господу. Иерей Николай, как и его отец, похоронен на территории церкви. В 1895 г. храм переименован из Покровского в Пророко-Ильинский. С 25 января 1893 по 1918 гг. в открылась церковно-приходская школа. В первые годы Советской власти закрыли.
В январе 1930 г. Ильинская церковь закрылась. Разобраны верхние ярусы колокольни, сняты с куполов кресты, колокола. В 1935 г. в храме был ломбард. С 1942 по 2002 гг. в церкви размещается Тюменский ликеро-водочный завод.
13 марта 2002 г. Священный Синод удовлетворил прошение архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия об открытии Ильинского женского монастыря. 4 мая 2017 г.переименован из Ильинского в Богородице-Рождественский монастырь.