Не секрет, что начавшаяся война протекала совсем не по тому сценарию, на который рассчитывали в Москве и Ленинграде. К концу первой декады декабря стало понятно, что планы по быстрому взлому финской обороны потерпели фиаско, а Ленинградский военный округ самостоятельно с возложенной на него задачей не справляется. В ночь с 8 на 9 декабря Главный Военный Совет РККА издал директиву №001, согласно которой фронтовое управление ликвидировалось, а руководство 7-й, 8-й, 9-й и 14-й армиями, Балтийским и Северным флотами брала на себя Ставка Главного Командования Красной Армии в составе Главнокомандующего Маршала Советского Союза К.Е. Ворошилова, Наркома Военно-Морского Флота флагмана 2-го ранга Н.К. Кузнецова, Начальника Генерального Штаба РККА командарма 1-го ранга Б.М. Шапошникова и Члена Главного Военного Совета И.В. Сталина. Той же директивой Мерецков назначался командующим 7-й армией, а бывший командующий 7-й армии командарм 2 ранга Яковлев назначался заместителем Мерецкова по управлению войсками ЛВО. Иными словами, Яковлев фактически замещал Мерецкова на посту командующего войсками ЛВО, пока Мерецков руководил действиями 7-й армии. В силу настоящие распоряжения вступали в 18 часов 9 декабря.
Новоиспеченная Ставка немедленно развила бурную деятельность, напрямую затронувшую состав и организацию ВВС действующей армии. Еще 8 декабря приказом по ВВС ЛВО на основании указаний Народного Комиссариата обороны началось формирование полноценных ВВС армий, со своими штабами, тылами и т.д. и т.п. для руководства которыми назначались соответствующие командующие. Начальником ВВС 8-й армии остался Герой Советского Союза комбриг И.И. Копец, его заместителем – майор Холзаков, командующим ВВС 9-й армии был назначен Герой Советского Союза комдив П.В. Рычагов, в свои неполные 30 лет успевший повоевать в Испании, Китае и на Хасане, причем в последнем случае в должности командующего ВВС Дальневосточного фронта. Бывший начальник авиагруппы 9-й армии полковник Мельников стал заместителем Рычагова. Командир Мурманской авиабригады комбриг Красовский становился заместителем командующего ВВС 14-й армии, а его начальником был назначен Начальник отдела бомбардировочной авиации лётно-технической инспекции Управления ВВС Герой Советского Союза полковник Т.Т. Хрюкин. Хотя формально Хрюкин был ниже по званию, его опыт был несравнимо большим, нежели у Красовского и включал, в том числе, участие в боевых действиях в Испании и Китае. Таким образом, из командиров авиагрупп армий после формирования ВВС армий свой пост сохранил только Иван Иванович Копец.
Ликвидация фронтового управления соответственно вызвала и ликвидацию управления ВВС фронта. ВВС армий стали напрямую подчиняться Начальнику ВВС Красной Армии комкору Я.В. Смушкевичу, оставаясь при этом в полном распоряжении командующих армиями. Что касается Управления ВВС фронта, то оно фактически поглотило управление ВВС 7-й армии с одновременной передачей последней всех авиачастей действующей армии, ранее входивших в состав фронтовой авиации, за исключением тех, которые по различным причинам для участия в боевых действиях не планировались. Таким образом, Е.С. Птухин становился командующим ВВС 7-й армии. При этом старое Управление ВВС 7-й армии никуда не делось и осталось в Ропше «в распоряжении командующего ВВС 7 армии», находясь «без определенных функций». Сложилась довольно нелепая ситуация, когда у ВВС 7-й армии оказалось сразу два штаба (хорошо, что они хотя бы не были независимы друг от друга) – один в Ленинграде и второй при «старом» Управлении 7-й армии в Ропше. Такое положение сохранялось более месяца.
Управления ВВС 8-й и 14-й армий разворачивались на основе Управления 14-й и Мурманской авиабригад соответственно, Управление ВВС 9-й армии пришлось формировать во многом с нуля. На передачу дел ушло некоторое время и фактическое вступление в должности новых командующих произошло несколькими днями позже. Так первый приказ по ВВС 9-й армии комдивом Рычаговым был подписан только 13 декабря. Тем же приказом ГВС от 8 декабря от командующих ВВС армий требовали принять все меры для постройки к 15 декабря новых передовых аэродромов – одного в районе 14-й армии, по два в районах 8-й и 9-й армий и три в районе 7-й армии. Эти меры были необходимы потому, что на отдельных направлениях отрыв передовых частей Красной Армии от передовых аэродромов уже достигал сотни километров.
Следующей мерой стало усиление авиационных группировок действующих армий. В ночь на 11 декабря последовала Директива Ставки ГК начальнику ВВС РККА за №041, согласно которой на усиление ВВС 14-й армии надлежало передать две эскадрильи истребителей И-15бис, а также одну эскадрилью ТБ-3 из БОВО. Последнюю следовало использовать как для боевых действий, так и для подвоза горючего на аэродромы. Для взаимодействия с войсками Кандалакшского направления 9-й армии на аэродром Африканда предполагалось перебросить две эскадрильи И-15бис и эскадрилью СБ, а для поддержки остальных соединений 9-й армии из состава ВВС ЛВО в Ухту должны были перебазироваться еще полк СБ и эскадрилья И-15бис. ВВС 8-й армии предназначались, помимо перебрасываемого 18-го СБАП, еще и две эскадрильи И-153 с подвесными баками и одну эскадрилью ТБ-3 «для боевых действий и перевозок».
Последним крупным организационным изменением, связанным с переподчинением действующей армии Ставке ГК, стал приказ от 16 декабря о создании Особой авиационной бригады для действий с аэродромов в Эстонии.