Усадьба на Софийской набережной была построена в 1891-1893 годах по заказу известного фабриканта, сахарозаводчика Павла Ивановича Харитоненко. Усадьба была спроектирована архитектором Василием Герасимовичем Залесским.
Основателем купеческой династии был Иван Герасимович Харитоненко, родом из украинских крестьян. В 1860‑х годах он занялся выращиванием сахарной свеклы и основал в городе Сумы первый сахаро-рафинадный завод. К концу жизни он стал одним из крупнейших сахарозаводчиков в Российской империи.
Семейное дело унаследовал и приумножил его единственный сын Павел Иванович, который прославился и как благотворитель, и как один из крупнейших коллекционеров живописи. Павел Иванович в 1899 году был возведен в потомственное дворянское достоинство, на его гербе был начертан девиз «Трудом возвышаюсь».
После краха Российской империи вся семья Харитоненко покинула Россию.