Примерно в трехстах метрах от Колизея расположена Базилика Сан-Клименте. Еще 200 лет назад считалось, что нынешняя церковь была той, на которую ссылался святой Иероним, когда писал около 390 года н.э., что «церковь в Риме хранит память святого Климента по сей день». Но в 1857 году отец Иосиф Маллули, будучи настоятелем Сан-Клименте , начал раскопки под нынешней базиликой, раскрыв в процессе не только первоначальную базилику четвертого века прямо под ней, но и на еще более низком уровне остатки более раннего здания первого века. Более поздние раскопки, особенно те, которые были проведены в 1912-1914 годах, показали, что под этим третьим слоем зданий находился четвертый слой, содержащий здания, разрушенные во время пожара Нерона в 64 году н.э.
После пожара 64 года разрушенные здания были заполнены и использованы в качестве фундамента для тех домов ,которые были обнаружены на третьем уровне раскопок . Это два дома , которые отделены друг от друга узким проходом. Меньшее по площади здание во второй половине II века н.э. являлось частным многоэтажным домом со внутренним двориком .Этот дворик во второй половине III века был перестроен в культовое сооружение для поклонения Митре, ведущие к дворику проемы были замурованы и был надстроен свод.
Через проход от Митреума находится большее помещение. В нем был большой внутренний двор, примерно соответствующий главному нефу и правому приделу современной базилики.
Это строение ещё полностью не изучено ,возможно это был монетный двор или зерновой рынок.После прекращения гонений на христиан в IV веке это здание было перестроено в церковь в форме базилики: обширный внутренний двор стал главным нефом ,окаймлявшие его комнаты стали основой двух боковых приделов. Церковь была освящена в честь папы Климента I. Некоторые время церковь существовала бок о бок с Митреумом ,но в 395 году культ Митры был официально запрещен и на его месте была построена апсида базилики .
В 1084 году Сан-Клименте была сильно повреждена во время пожара, произошедшим во время взятия Рима норманнами. Повреждения были настолько существенными , что решено было не восстанавливать а построить новую церковь на месте старой . «Нижнюю» базилику заполнили строительным мусором, и на полученном основании воздвигнули современную «верхнюю » базилику.
Хорошо видно ,насколько выше была «нижняя» базилика на фреске «Месса Святого Климента».
Фреска разделена на три части. В верхнем ее регистре изображен святой Климент на престоле, рядом с ним стоят апостол Петр и святые Лин и Клет. Все фигуры подписаны, но их верхняя часть «отрезана» полом «верхней» базилики. На средней части фрески святой Климент совершает мессу, по левую руку от него стоит молодая христианка Феодора. Муж Феодоры, знатный язычник Сиссиний ,прокрался вслед за женой на мессу, но ослеп и оглох по молитве папы. Служители выводят Сиссиния из церкви. В нижней части фрески изображено посещение святым Климентом дома Феодоры и исцеление ее мужа.Сиссиний, вместо благодарности, впал в ярость и приказывал слугам схватить папу и выставить его вон. Речь Сиссиния написана на фреске простонародным итальянским языком, а не на традиционной латыни, и усыпана ругательствами: «Тащите, ш люхины дети. Гозмари и Альбертель (это имена слуг), тащите вон. Карвончелле, помогай сзади рычагом». Но по молитве Климента ослеплённые слуги вместо него тащат обломки колонны. На этом повествование фрески оканчивается . Но по легенде Сиссиний всё-таки стал христианином и даже мучеником. Брань Сиссиния сделала фреску бесценным лингвистическим памятником, так как , не считая нескольких подписей на документах, эти слова являются самыми ранними из известных, написанных на итальянском языке.
«San Clemente. Roma» Kina Italia/Lego-Italy, 1992.