Перед началом сезона 1906/07 «Вест Хэм Юнайтед» провёл точечное усиление состава. Клуб покинули четыре игрока, а их места заняли нападающие Дэвид Линдсей и Фред Кемп, а также защитники Уильям Уайлдман и Арчи Тейлор.Сезон начался с впечатляющей победы над «Тоттенхэмом» со счётом 2:1. «Хаммерс» продолжили радовать болельщиков на «Болейн Граунд», победив «Суиндон» (2:0) , и разгромив «Лутон Таун» (5:1), где Лайонел Уотсон оформил хет-трик. Билли Грессэм, ставший настоящим талисманом команды, отметился дублем в победе над «Лейтоном» (3:0) и хет-триком в матче с «Портсмутом», хотя последний завершился поражением (3:4).
Начало сезона также омрачилось скандальным матчем против принципиального соперника «Миллуолла», который состоялся 17 сентября 1906 года в рамках Западной лиги. Игра с самого начала приобрела жёсткий характер. Кульминацией стал эпизод, когда защитник «Вест Хэма» Лен Джарвис грубо атаковал Альфа Дина, отбросив его на металлический рекламный щит. Дин получил серьёзную травму и не смог продолжить матч. Вскоре после этого инцидента «Миллуолл» остался вдевятером из-за травмы Чарли Комри. Джордж Китчен реализовал очередной свой пенальти, принеся «Вест Хэму» победу со счётом 1:0.Последствия матча были серьёзными. Футбольная ассоциация провела расследование, в результате которого Лен Джарвис был дисквалифицирован на 14 дней. «Вест Хэм» также был вынужден разместить предупреждения о недопустимом поведении на домашних матчах из-за беспорядков на трибунах.
В отличие от предыдущих сезонов, «Вест Хэм» значительно улучшил игру на выезде. Команда добилась достойных ничьих в матчах с «Плимутом», «Редингом» и «Джиллингемом». Особенно впечатляющей стала победа над «Фулхэмом» со счётом 4:1, где Лайонел Уотсон снова оформил хет-трик, нанеся сопернику первое домашнее поражение в сезоне.Рождественский период принёс ещё две домашние победы: над «Саутгемптоном» (1:0) и «Тоттенхэмом» (4:2). В матче с «шпорами» блеснул молодой Артур Винтерхальдер, оформивший хет-трик.
Важной вехой стала победа над «Блэкпулом» в Кубке Англии 12 января 1907 года. «Вест Хэм» впервые в своей истории обыграл команду из Футбольной лиги со счётом 2:1 при 13 000 зрителей.Однако в следующем раунде «Эвертон» оказался сильнее, победив на «Болейн Граунд» с минимальным счётом 2:1. После Нового года несмотря на обидное поражение от «Миллуолла» (0:1) при рекордной посещаемости в 16 000 зрителей. Последовала впечатляющая серия из пяти матчей без поражений, включая победы над «Куинз Парк Рейнджерс» (2:1) и «Портсмутом» (3:0). Команда поднялась на третье место в лиге.Пасхальный период принёс ещё несколько важных побед: над «Редингом» (2:0) дома и «Саутгемптоном» (3:2) на выезде. В заключительном домашнем матче сезона «Вест Хэм» красиво обыграл уже ставший чемпионом «Фулхэм» со счётом 4:1, завершив сезон на высокой ноте.Этот результат позволил команде занять 5-е место в турнирной таблице — лучший показатель с сезона 1901/02. В целом команда продемонстрировала сбалансированную игру как в обороне, так и в атаке. Защита, возглавляемая вратарём Джорджем Китченом, пропустила всего 41 гол в 38 матчах. В нападении блистал Гарри Стэпли, забивший 22 мяча, а также Лайонел Уотсон и набравший хорошую форму Билли Грессэм.