Федору Алексеевичу повезло жениться на истинно любимой девушке – роскошь для царской особы. Любовь эта была очень сильная и взаимная. Брак супругов строился на гармонии, нежности и полном взаимопонимании.
Федор повстречал дворянку (дочь польского шляхтича) Агафью Грушецкую во время крестного хода, и уже не смог выбросить ее из головы. Был проведен традиционный смотр невест, разумеется, исход которого был предрешен. Людям заинтересованным совсем не нравилась партия Грушецкой, при дворе имелись могущественные кланы, желавшие породниться с царской семьей. По старой традиции «доброжелатели» стали всячески пытаться опорочить невесту в глазах жениха. Федор дураком не был, понимал, что к чему, поэтому никого не слушал, настоял на своем выборе, и никто не посмел перечить царской воле. К слову, его отец (царь Алексей Михайлович) и дедушка (царь Михаил Федорович) в свое время не смогли поступить также, воли не хватило.
Брак был совершен в 1680 году, свадьба была очень скромной.
Царица Агафья, едва получив власть, развернула при дворе настоящую модную революцию. Оказалось, что Грушецкая – обладательница тонкого вкуса и чувства стиля. Царица решилась переодеть и мужчин, и женщин. Первым сменил костюм сам царь Федор, примерив на себя польское платье. Что носит государь, как известно, моментально входит в моду, придворные постарались соответствовать. Сама Агафья позволила себе «немыслимое» - стала носить польскую шапку, которая допускала оголение волос, отказывалась заплетать косу. А еще перестала носить русский тяжеловесный кафтан. Придворные посчитали такое поведение царицы очень нескромным. Правда с новой удобной модой все быстро смирились, ее подхватили и прогрессивные сестры царя. Федор перестал сбривать волосы на голове, как то было принято, и начал ходить с прической. Примеру последовали придворные. Царь по просьбе жены убедил бояр аккуратно подстригать бороды. С подачи молодых царя и царицы на Руси стали курить табак. Грушецкая заинтересовалась и просвещением, она повлияла на то, чтобы были открыты в Москве латинские и польские школы.
Многим такой расклад, конечно, не нравился. Бояре боялись того, что Москва снова перейдет под управление поляков.
Агафья Семеновна и вела себя не как русская традиционная дама, не позволила «заточить себя в золотой клетке Терема», а свободно передвигалась по палатам, бывала на доселе только мужских мероприятиях вместе с супругом.
Увы, век молодой красивой пары оказался недолог. Агафья не пережила родов (умерла спустя трое суток, ей было всего восемнадцать лет), новорожденный скончался вслед за матерью (через неделю). В выборе имени для ребенка молодая чета проявила фантазию. Сына они назвали Ильей, такого имени не было еще ни у одного представителя царской семьи.
Федор после кончины жены и наследника был безутешен, абсолютно подавлен, но его все равно очень скоро женили вновь, ведь царскую власть нужно было укрепить рождением наследника. Федор повиновался правилам, но со второй женой жить не хотел и уже не мог. Болезнь, а может быть тоска по любимой, свела его в могилу.