Рукокрылые являются одной из самых необычных групп млекопитающих. Их происхождение всё ещё остаётся неясным. В ископаемом виде рукокрылые встречаются уже как сформированные летающие животные. Одним из самых ранних представителей этого отряда является онихониктерис, живший в раннем эоцене. Он был хорошо приспособлен к полёту, однако сохранял немало признаков своих нелетающих предков, например: отсутствие эхолокации, когти на всех пальцах и достаточно длинные ноги.
Есть несколько теорий о происхождении рукокрылых. По одной из них, предки этого отряда способом передвижения напоминали илистых прыгунов и жили в мангровых зарослях. Но данная гипотеза является крайне маловероятной. Гораздо более достоверной выглядит теория о том, что рукокрылые произошли от мелких животных, обитавших на деревьях. Перепонка между пальцами передних конечностей изначально была нужна им для планирования между деревьями, однако потом она развилась в полноценное крыло. Обнаружение у онихониктериса длинных задних ног и когтей на пальцах только подтверждает эту гипотезу.
Что же касается эволюции рукокрылых в уже сформированном виде, то они достаточно рано разделились на две основные группы: крыланы и летучие мыши. Это подтверждается обнаружением икарониктериса, обладавшего сплющенной мордой, что характерно для второй группы, и жившего в тот же период, что и онихониктерис, морда которого была удлиненной, что является одним из отличительных признаков крыланов.
Впоследствии летучие мыши разделились на 16 семейств, а подотряд крыланов насчитывает только
одно.
