21 марта 1794 года составляется ведомость, где указано, что каждому куреню назначено место. Таким образом, в эти сроки и была основана нынешняя станица Калниболотская. Согласно документам, Калниболотскому куреню по жеребьевке достается место для поселения и выделяется земля на месте слияния рек Терновки и Еи.
В течение нескольких лет с момента основания Калниболотский курень стал центром Григорьевского округа Черноморского Войска и имел свою гербовую печать, в центре которой был изображен всадник. Первые жители Казаки: Семен Чернолес, Матвей Плохий, Кондрат Щербына, Иван Малый, Алексей Белый, Иван Олейник, Павел Ниякий и другие.
Калниболотское куренное селение, основанное в 1794 году — одно из 40 первых, основанных Черноморскими Казаками на Кубани. Название перенесено с куреня Сечи, который был назван по старинному селу Калниболото (с 1795 года — Катеринополь; сегодня существует село Кальниболота в Кировоградской области Украины).
Калниболотские Казаки (команда из 30 человек с есаулом Семеном Чорнолесом) приняли участие в персидском походе двух полков Черноморцев 1796 года. В походе умерли Казаки Фома Пилипенко и Иван Малый.
К марту 1807 года в Калниболотском курене уже были одна водяная и одна ветряная мельницы.
Во время пополнения Черноморского Казачьего Войска малоросскими Казаками в 1809—1811 гг. в Калниболотское селение прибыло 113 семей переселенцев (347 мужчин и 216 женщин). Старожилых Казаков к тому времени было почти столько же (342 мужчины и 252 женщины). Значительным было приращение Калниболотского куренного селения во время второго пополнения в 1821—1825, когда к 113 дворам прибавилось ещё 245. Во время третьего пополнения (1848—1849) в станицу Калниболотскую прибыло 95 семей. В последующее время Калниболотская принимала участие в заселении закубанских земель, отвоёванных у горцев. В 1862 году около 40 семей калниболотцев были поселены в станице Раевской, в апреле 1862 года урядник
Федор Григорьев Кузьменко и 34 Казака с семьями в станице Неберджиевская, а через 2 года такое же количество семей было направлено в станицу Тхамахинскую. К 1863 году в Калниболотской имелось 535 дворов с 2928 жителями.
Имеется два церковных дома для помещения причта. В первом временно помещается ц.-пр. школа, во втором, заново отрем. священник 1 причта (Баженов). Церковно-приходских школ 2. Для одной из них было построено специальное здание, а вторая помещалась в причтовом доме.
Рождений 623,браков 100, смертей 333.
На рубеже веков в станице имелось 2 кирпичных, 4 маслобойных завода, 12 кузнец, 3 бондарных, одно колесное и 4 столярных. В начале XX века в станице имелось 6 училищ, подведомственных Министерству образования.
В 1920—1930 году Георгиеская и Покровская церковь были закрыты, разобраны и разрушены советскими.
В «Энциклопедическом словаре Брокгауза и Ефрона» этот населённый пункт был описан следующими словами: Калниболотская станица — Кавказского отдела (в действительности — Ейского), Кубанской области. Жителей 15 628, церковь, школа, лавок 6, маслобойня 1, мельниц 8; обработка шерсти.
В станице проживало немало Георгиевских кавалеров (в 1872 году — 17 человек). Во время Первой мировой войны Василий Калайда и Фёдор Прудний (Прудий?) дважды были награждены Георгиевскими крестами, а Латыш Дмитрий Максимович стал полным Георгиевским кавалером /Полный георг.кавалер. Казачьи войска. 1889 г.р., казак стан. Калниболотской, ККВ. Подхорунжий 4-й сотни 1-го Уманского каз. полка. Другие награды: Французская военная медаль.; (Кресты: 1 ст. № 4275; 2 ст. № 8339; 3 ст. № 22694; 4 ст. № 152921.