Реорганизация управления русской армией.
Оставив армию, император не позаботился назначить общего главнокомандующего. Отношения между Багратионом и Барклаем-де-Толли после отступления из Смоленска с каждым днём становились всё напряжённее. Отсутствие единоначалия могло привести к катастрофическим последствиям. Для решения вопроса был учреждён Чрезвычайный комитет, и 5 августа на его заседании единогласно главнокомандующим был утверждён генерал от инфантерии Кутузов. 17 августа Кутузов в Царёво-Займище принял армию. В этот день французы вошли в Вязьму. Кутузов сформировал свой штаб, используя штабы Западных армий. Генерал от кавалерии Беннигсен был определён на должность начальника главного штаба Кутузова, генерал-квартирмейстером всех армий стал Вистицкий, его помощником — Толь, дежурным генералом — полковник П. С. Кайсаров.
Бородинское сражение.
В середине августа Кутузов прибыл в армию, что подняло боевой дух у солдат. Воины надеялись, что теперь отступление закончится, а врагу будет дан решающий бой. Однако новый главнокомандующий не спешил сразиться с Наполеоном и продолжал движение на восток.
Место для генерального сражения было найдено в 125 км от Москвы, близ села Бородино. Как раз в это время соотношение сил между французской и русской армиями почти сравнялось: 120 тыс. против 135 тыс. Русской армии не хватало вооружения — не было ружей, чтобы вооружить 31 тысячу ополченцев из Москвы и Смоленска, но они чательно подготовилась к битве, построив вдоль линии своих позиций несколько земляных укреплений - редутов и флешей. Ратникам раздали пики, но использовать людей как «пушечное мясо» Кутузов не стал (ратники выполняли вспомогательные функции, например, выносили раненых).
24 августа к полю сражения приблизилась Великая армия и с ходу атаковала Шевардинский редут на крайнем левом фланге русских позиций. После кровопролитного боя русские части уступили редут противнику. Следующий день обе армии провели подготовки к генеральному сражению.
26 августа 1812 г. ранним утром французы атаковали русские позиции на правом фланге. Началось Бородинское сражение. Данное действие французов было отвлекающим манёвром. Основной удар противник нанёс по левому флангу русской армии, который был защищён слабее. Здесь были всего три флеши - легкие укрепления, состоявшие из двух валов, соединённых между собой под острым углом. Они вошли в историю под названием Багратионовых флешей, поскольку здесь, на левом крыле русских позиций, стояла 2-я армия генерала П. И. Багратиона. С обеих сторон, и при защите, и при атаке укреплений широко применялась артиллерия. Семь раз безрезультатно атаковали французы флеши, несколько раз они захватывали укрепления, но русские воины контратаками отбивали их. В восьмую атаку Наполеон выдвинул 45 тыс. человек и 400 орудий против 18 тыс. солдат и 300 орудий Багратиона. В ходе этой атаки был смертельно ранен Багратион, и, воспользовавшись замешательством в рядах русский войск, противнику удалось окончательно овладеть флешами ценой 30-34 тыс человек.
Русская армия отошла примерно на километр и заняла новые позиции у села Семёновского. Французская артиллерия безуспешно осыпала ядрами, а кавалерия атаковала русские полки: они не отступили ни на шаг и не оставили шансов противнику прорвать свой левый фланг.
Столкнувшись с бесстрашным сопротивлением русской армии, Наполеон направил силы на центральную часть укреплений, получивших название батареи Раевского - по имени командира корпуса, который занял позиции на этой высое и близ неё. Много времени ушло у Наполеона, чтобы овладеть ей. Ценой больших потерь французам удалось захватить эти укрепления, но для развития атаки сил уже не было. Французскому полководцу предлагали ввести Старую гвардию, но Наполеон не мог рисковать последним резервом, видя как трудно даётся каждый метр.
Сражение заканчивалось. Наступательных порыв французской армии утих. Несмотря на это артиллерийская канонада не стихала до самой темноты. На следующий день Кутузов хотел продолжить атаку, но услышав сообщение о понесённых потерях, он принял решение продолжить движение армии к Москве.
Формально Бородинская битва закончилась победой Наполеона: поле сражения осталось за ним. Но он не решил главную задачу генерального сражения - разгромить своего противника. Потери обеих сторон были огромны, только потери Великой армии были невосполнимы, то русская армия могла рассчитывать на пополнение своего состава. Общий исход войны в немалой степени был предопределён итогами Бородинского сражения.
Оставление Москвы и Тарутинский марш-манёвр.
После отступления к Москве перед Кутузовым встал вопрос о сражении у стен древней столицы. 1 сентября главнокомандующий созвал военный совет в селе Фили у западной окраины города. М. Б. Барклай-де-Толли указывал на вынужденность оставления Москвы для спасения армии: «Сохранив Москву, Россия не сохранится от войны, жестокой, разорительной. Но сберёгши армию, ещё не уничтожаются надежды отечества». Л. Л. Беннигсен настаивал на сражении, и большинство участников совещания склонялись на его сторону. Окончательное решение принял М. И. Кутузов: «Доколе будет существовать армия и находиться в состоянии противиться неприятелю, до тех пор сохраним надежду благополучно довершить войну, но когда уничтожится армия, погибнут Москва и Россия. Приказываю отступать». Кутузов прервал заседание и приказал отступать через Москву по Рязанской дороге.
После совета Кутузов, по воспоминаниям приближённых, плохо спал, долго ходил и произнёс знаменитое: «Ну, доведу же я проклятых французов… они будут есть лошадиное мясо»
Вместе с армией Москву покидали и её жители. Напрасно Наполеон ждал на Поклонной горе депутацию москвичей с символическими ключами от города. Когда император вступил в Москву, он увидел почти полностью опустевший город. В тот же вечер начались пожары. Определённую роль в поджогах, несомненно, сыграли сами французы. Они предались грабежу и кутежам, а неосторожное обращение с огнём в деревянных помещениях привело к пожарам. Но город поджигали прежде всего сами жители, как жгли свои дома и амбары жители других городов. Пожар бушевал три дня, и от него выгорела большая часть Москвы.
Тем временем русская армия совершила, по замыслу Кутузова, скрытый манёвр и оказалась у села Тарутина к юго-западу от Москвы. Благодаря этому Кутузов мог контролировать коммуникации противника и наблюдать за всеми его действиями. Здесь, в Тарутине, русская армия отдохнула после тяжёлых боёв во время отступления, пополнила бойцов, частично возместила потери в лошадях, артиллерии и ружьях.
Совсем другое положение было у французов. Солдаты Великой армии из дисциплинированных воинов превратились в разнузданных мародёров. Разграбив Москву, французы столкнулись с продовольственной проблемой. Те команды французской армии, которые отправлялись в окрестности Москвы на поиски припасов, подвергались нападению со стороны партизанских отрядов и местных крестьян.
Вскоре после начало войны российское правительство стало создавать небольшие объединения казаков и кавалеристов в тылу врага. Эти отряды назывались партиями, а их участники - партизанами. Партизаны находили поддержку среди крестьян, которые присоединялись к партиям или формировали свои. В тылу французов разразилась настоящая народная война, и положение армии Наполеона в Москве было сродни положению в осаждённой крепости.