На рубеже столетий зенитовцы громко заявили о себе в евротурнирах и стали завоевывать медали в чемпионате страны.
2000
В конце апреля «Зенит» возглавил Юрий Морозов. Команда провела серию эффектных побед, а в июле и августе уверенно прошла три раунда Кубка Интертото. Повержены были клубы из Словении (3:0, 3:1), Венгрии (2:1, 2:1) и Англии (1:0, 3:0). В финале из-за жесткого графика сине-бело-голубые не удержали в концовках матчей преимущество над испанской «Сельтой» (1:2, 2:2). Лучшим бомбардиром турнира стал Геннадий Попович.
2001
Юрий Морозов смело ввел в состав группу молодых футболистов. Первые голы в высшем дивизионе забили Александр Кержаков и Андрей Аршавин. Результат получился потрясающим: на протяжении всего сезона команда шла в группе лидеров и за два тура до финиша обеспечила себе первые медали российского чемпионата. Впервые в новейшей истории шесть зенитовцев были включены в список 33 лучших футболистов страны.
2002
Сине-бело-голубые во второй раз вышли в финал Кубка России, выиграв в двух предыдущих раундах в дополнительное время за счет «золотого» гола. «Крыльям» забил Кержаков, «Сатурну» — Аршавин. На решающий матч за трофей Морозов, по существу, сбежал из больницы. На снимке он обсуждает план на игру со своим помощником Сергеем Приходько. Победить не удалось, а в июне Юрий Андреевич по состоянию здоровья ушел с должности главного тренера команды.
2003
В этом сезоне «Зенит» впервые возглавил иностранный тренер — Властимил Петржела. На снимке он разговаривает с главным проводником своих идей — вернувшимся в родной город Владиславом Радимовым, капитаном команды. Чешский специалист быстро разобрался в хитросплетениях российского футбола и привел сине-бело-голубых к первым в их истории серебряным медалям. На финише петербуржцы не уступали в девяти турах подряд.
В 2003‑м сине-бело-голубые выиграли турнир, который в дальнейшем не проводился, — Кубок Премьер-лиги. Встречи проходили во время пауз на матчи сборных. Зенитовцы победили ЦСКА (2:0, 1:3), «Спартак» (1:0, 1:1), «Торпедо» (2:2, 3:1), а в финале одолели «Черноморец» (3:0, 2:2). На стадионе в Новороссийске команде вручили трофей, который навечно прописался в музее клуба. На фото он в руках Алексея Игонина.
2005/06
Зенитовцы впервые пробились в весеннюю стадию Кубка УЕФА. В предварительных раундах были пройдены австрийский «Суперфунд» и греческий АЕК. По итогам группового этапа за бортом остались турецкий «Бешикташ» и португальский «Гимарайнш». В плей-офф удалось дойти до четвертьфинала, выбив из турнира норвежский «Русенборг» (2:0, 2:1) и французский «Марсель» (1:0, 1:1). Семь мячей в этом евросезоне забил Александр Кержаков.