С формированием в России регулярного военно-морского флота появилась необходимость и в полноценном российском военно-морском флаге. Первоначально Пётр I создал российский военно-морской флаг на основе западноевропейских образцов, но потом всё же решил идти своим путём, в результате чего наш военно-морской флот получил прославленный в веках Андреевский флаг.
Строго говоря, первый военно-морской флаг у России появился при царе Алексее Михайловиче и его знают все - это наш государственный бело-сине-красный флаг, правда, при Алексее Михайловиче он выглядел не совсем привычно, ведь за образец при его создании взяли флаг Англии (красный крест на белом фоне). Первый военно-морской флаг России выглядел следующим образом, его полотно было разделено большим прямым синим крестом на четыре части, при этом первая и четвёртая четверти флага были белыми, а вторая и третья - красными. Первый военно-морской флаг России был поднят в 1670 году на фрегате "Орёл" Каспийской военной флотилии, но в 1671 году "Орёл" был сожжён в Астрахани разинцами и о военно-морском флаге России надолго позабыли.
Вновь о военно-морском флаге России вспомнили в 1693 году, когда Пётр I начал строительство "потешной флотилии" на Плещеевом озере близ Переяславля-Залесского и флаг для неё в точности повторял военно-морской флаг Алексея Михайловича, правда, Пётр I счёл его слишком роскошным и упростил, сделав его трёхполосным, бело-сине-красным. Именно бело-сине-красный флаг стал первым флагом Военно-морского флота России, под ним ходил первый российский военный корабль "Святой Пётр", активно он использовался на Азовской военной флотилии, в 1699 году под ним в Стамбул для заключения мирного договора между Россией и Османской империей пришёл 30-пушечный линейный корабль "Крепость" и на этот флаг Пётр I впервые добавил синий Андреевский крест, как передавая этим созданный им флот под небесное покровительство апостола Андрея Первозванного, в I веке принесшего христианство на русскую землю, так и заявляя этим претензии на выход России к четырём морям - Азовскому, Балтийскому, Белому и Каспийскому.
Хотя Андреевский флаг и пришёлся русским морякам по сердцу, после первого своего появления он ещё долго не использовался, только в 1705 году, после того, как русский флот у острова Котлин отразил нападение шведской эскадры на строящийся Санкт-Петербург, Пётр I начал планомерную замену бело-сине-красного флага на Андреевский, проходившую постепенно и с использованием флагов переходного периода (бело-сине-красного, бело-сине-красного с андреевским крестом, бело-сине-красного с полосами в сочетании не 1/3, как привычно, а 1/6, Андреевского флага с бело-сине-красными полосами по краям). В 1710 году военно-морской флот России получил Андреевский флаг с так называемым "висячим" крестом, концы которого не доходили до краёв флага, бело-сине-красный флаг стал торговым и национальным флагом России, а в 1712 году Андреевский флаг получил свой привычный вид, но он ещё не стал флагом всего Военно-Морского флота, оставаясь флагом исключительно его боевого ядра (кордебаталии), авангард и арьергард получили свои флаги (авангард - синее полотнище с изображением в крыже Андреевского флага, арьергард - красное полотнище с изображением в крыже Андреевского флага), тогда же был учреждён гюйс - носовой флаг кораблей 1-го и 2-го ранга, стоящих на якоре и береговых подразделений ВМФ. Символика Андреевского флага следующая: белое полотно - честь воинская и благородство, синий крест - верность долгу вплоть до самопожертвования.
Несмотря на то, что Андреевский флаг задумывался как сугубо военный, он быстро стал вторым национальным флагом, ведь под ним было одержано много славных военных побед и открыто много новых земель, он развевался над всеми водами Мирового океана. В 1819 году был введён специальный Георгиевский Андреевский флаг, которым награждались отличившиеся в бою корабли и иные подразделения Военно-морского флота России (первым его обладателем стал Гвардейский экипаж, в качестве морской пехоты активно участвовавший в Отечественной войне 1812 года и Заграничном походе русской армии 1813-1814 годов). В 1865 году Андреевский флаг пережил реформу, в этом году были упразднены авангард и арьергард флота, после чего единый Андреевский флаг стал де-юре флагом всего военно-морского флота России (правда, в 1870 году флаг авангарда флота был восстановлен как флаг вспомогательных судов ВМФ и остаётся в этом качестве по сию пору, разве что изображение флага в крыже менялось в зависимости от политического строя).
Потрясения ХХ века не прошли бесследно для Андреевского флага, в историю вошли подвиги экипажей крейсеров "Варяг" и "Рюрик", броненосца береговой обороны "Адмирал Ушаков" и эсминца "Громкий", которые в годы русско-японской войны 1904-1905 годов предпочли принять неравный бой, но не спустить флаг перед врагом. К тому времени Андреевский флаг уже окончательно перешёл в разряд национальных, даже у революционеров он не вызывал ненависти, во время восстаний на броненосце "Потёмкин" и крейсере "Очаков" красный революционный флаг мирно соседствовал с Андреевским. После революции 1917 года Андреевский флаг стал военно-морским флагом Белого движения, но и красные активно его использовали, так, корабли и морпехи красных Сибирской и Амурской военной флотилий шли в бой в годы Гражданской войны под Андреевским флагом с синим крестом и красным полотнищем, а гюйс ВМФ, рисунок которого происходит от Андреевского флага, использовался вплоть до 1932 года. Несмотря ни на что, в военно-морском флоте никогда не забывали об Андреевском флаге, поэтому в 1992 году Всероссийское офицерское собрание единогласно проголосовало за восстановление Андреевского военно-морского флага как флага ВМФ России и в этом качестве он существует по сию пору, связывая воедино славные прошлое, настоящее и будущее российского Военно-морского флота.