Фёдор Фёдорович Ушаков родился 24 февраля 1744 года в небогатой дворянской семье в селе Бурнаково, расположенном в Ярославской губернии.
В 1766 году Фёдор успешно окончил морской кадетский корпус и начал свою службу на Балтийском флоте. В 1775 году он получил под своё командование фрегат, а в 1780 году был назначен капитаном императорской яхты. Однако вскоре он отказался от придворной карьеры и вернулся на военную службу.
Когда началась русско-турецкая война 1787–1792 годов, Ушаков командовал линейным кораблём «Святой Павел». В 1789 году он был произведён в контр-адмиралы. С 1790 года он стал командующим Черноморским флотом. В 1793 году Ушаков получил звание вице-адмирала.
В период с 1798 по 1800 год Фёдор Фёдорович Ушаков занимал пост командующего российским флотом в Средиземном море. Также он является автором Конституции греческой Республики Семи Островов. В 1799 году Ушаков был удостоен звания адмирала флота. В 1807 году он вышел в отставку и поселился в своём имении в деревне Алексеевка, которая сейчас находится на территории Республики Мордовия. В этот период он посвятил себя молитве и активной благотворительности.
За свои выдающиеся заслуги перед Родиной Фёдор Фёдорович был удостоен множества наград. Среди них — орден Святого Владимира (1784 и 1788 годы), орден Святого Георгия (1788 и 1790), орден Святого Александра Невского (1791) и алмазные знаки ордена Святого Александра Невского (1798). Кроме того, он был награждён орденом Святого Януария Королевства обеих Сицилий, высшей наградой Османской империи «Челенг» и многими другими орденами и медалями.
Фёдор Фёдорович Ушаков скончался 14 октября 1817 года в своём имении в Алексеевке. Похоронен он был в Санаксарском монастыре, который расположен недалеко от города Темникова.