Иннокентий Федорович Анненский родился (20 августа) 1 сентября 1855 года в Омске, в семье государственного чиновника. Анненский учился сначала в частной школе, затем год – во 2-й петербургской прогимназии, которую окончил в 1868 году. С 1869 года он два с половиной года обучается в частной гимназии В.И. Беренса.
По окончании в 1879 году историко-филологического факультета Петербургского университета Анненский служит преподавателем древних языков и русской словесности. Впоследствии становится директором гимназии в Киеве. Уже в 1892 году его «воззрения на учебно-воспитательное дело» оказываются несовместимы с этой престижной должностью, однако директорство за ним сохраняют.
В печати он выступил с начала 1880-х годов с научными рецензиями, критическими статьями и статьями по педагогическим вопросам. С начала 1890-х годов занялся изучением греческих трагиков. Он на протяжении многих лет выполнял работу по переводу на русский язык и комментированию всего театра Еврипида. Одновременно написал несколько оригинальных трагедий на еврипидовские сюжеты и «вакхическую драму» «Фамира-кифарэд».
Более всего значителен Анненский как поэт. Стихи начал писать с детства, но напечатал впервые в 1904. Свои ранние стихотворные опыты Анненский называл «чепухой» и уничтожил. Случайно сохранился лишь отрывок под названием «Из поэмы «Mater Dolorosa» (1874 год), целиком состоящий из лирических штампов.
Анненский — типичный «поэт для поэтов». Свою единственную прижизненную книгу стихов он выпустил под характерным псевдонимом «Ник. Т-о». Лишь незадолго до смерти его поэзия приобретает известность в кружке петербургских поэтов, группировавшихся вокруг журнала «Аполлон».
Умер Иннокентий Федорович Анненский (30 ноября) 13 декабря 1909 года в Петербурге.