Когда-то давным-давно храм этот был сельским. Стоял он в большом дворцовом селе Рубцово. Село располагалось на правом берегу реки Яузы, по обе стороны шедшей от Кремля дороги, к востоку от Богоявленского собора в Елохове. Первые письменные упоминания об этом селе датируются 1573-м годом. Тогда оно принадлежало стольнику Протасию Васильевичу Юрьеву. Юрьев служил в опричнине и в 1575-м был казнён по обвинению в измене. Но село всё равно осталось во владении рода Юрьевых. По документам 1584-го года хозяином его числился Никита Романович Юрьев-Захарьин, который Протасию приходился двоюродным дядей. А ещё он был дедушкой царя Михаила Фёдоровича. И таким вот хитрым образом в начале 17-го столетия Рубцово перешло в собственность царской семьи. В 1615-м году в присутствии самого царя в Рубцово освятили храм во имя Николая Чудотворца. А в 1626-м неподалёку построили ещё один храм в память об избавлении Москвы от поляков. Освятили его в честь Покрова Пресвятой Богородицы. А так как в те времена названия улицам, деревням и сёлам в народе часто давали по расположенным рядом храмам, то и Рубцово очень быстро начало именоваться двойным именем Покровское-Рубцово. А через ещё какое-то время Рубцово и вовсе исчезло из названия. В состав Москвы село вошло в конце 18-го столетия.
Но вернёмся к храму Святителя Николая. Старинная церковь очень сильно пострадала во время войны с поляками. В 1615-м, как я уже упомянула, был освящён заново отстроенный деревянный храм. А каменный храм с приделом в честь Святых Апостолов Петра и Павла был освящён в 1721-м. Через 25 лет в трапезной был освящён второй придел в честь мученицы Ирины. А в 1824-м его переосвятили в придел Покрова Пресвятой Богородицы. В 1889-м году по указу Святейшего Синода трапезную и приделы перестроили. Руководил работами мастер храмовой архитектуры периода эклектики Павел Петрович Зыков. Тогда храм был надстроен и расширен, а алтари приделов выдвинуты в один ряд с главным. После революции в 1922-м году в Николо-Покровском храме было проведено изъятие церковных ценностей, а весной 1931-го года вышло постановление президиума горисполкома Моссовета о его закрытии. Через год здание начали перестраивать в хлебозавод, который благополучно проработал на этом месте до 1984-го года. А потом был закрыт из-за аварийного состояния здания. В 1992-м то, что осталось от бывшего храма, вернули Русской православной церкви. В 1995-м году начались первые богослужения.