Трагические события военных лет не обошли зоопарк стороной: в ночь с 22 на 23 июля 1941 года он подвергся жестокой бомбардировке, пострадали слоновник, львятник, обезьянник, а также управление зоопарка и архивы. Животных начали в срочном порядке эвакуировать в Свердловск, сопровождала их (а затем возвращала в Москву) Вера Чаплина.
Животные покидали зоопарк в разное время и по собственной воле. В их числе обезьяны, лошади, волки и даже пингвин и крокодил.
«Первопроходцем» стал гигантский слон Маврик: в начале 1920-х годов он проломил изгородь, направился к булочной на Кудринской площади, где разбил витрину и стал лакомиться свежим хлебом. Обратно в вольер ворюгу за хобот привёл сотрудник зоопарка.
В отличие от обжоры-слона козерог, бежавший из карантина, направился не в продуктовый, а в парикмахерскую на Большой Грузинской, где разбил копытом зеркало (вероятно, не оценив своего отражения в нём). Был возвращён домой зоотехником и ветеринаром.
На «Острове зверей» осталась только бурая медведица по кличке Зойка — она самостоятельно вырыла себе берлогу и укрылась в ней, «отказавшись» эвакуироваться; даже разместившаяся на верхней площадке острова зенитная батарея зверя не смутила.
О ней и других оставшихся животных заботились сотрудники во главе с директором Трофимом Бурделевым, благодаря их самоотверженности и героизму Старая территория зоопарка была открыта для посетителей даже в годы войны.
