Главными направлениями природоохранной деятельности предприятия стали: содержание и эксплуатация судов природоохранного назначения, мониторинг качества поверхностных вод на участках судоходства в соответствии с условиями безопасного использования для здоровья населения, эксплуатация судовых систем, исключающая попадание загрязняющих веществ в воду, выполнение производственно-экологического контроля за состоянием атмосферного воздуха, обучение сотрудников по программам обеспечения экологической безопасности.
ЕРП ежегодно разворачивает в бассейнах рек Енисей и Ангара специализированный флот, обеспечивающий выполнение требований действующего природоохранного законодательства по предотвращению загрязнения водных объектов судами водного транспорта. Это пять судов-сборщиков, две очистные станции, два СКПО (судно комплексной переработки отходов), сливные бункер-базы и прочее.
В период навигации на реке Енисей вспомогательный флот пароходства обеспечивает команды судов водой питьевого