Тихвинский монастырь сравнительно молодой. Его история начинается в 1675 году, когда за пределами города, между реками Большой и Малый и Цивиль, была построена деревянная Тихвинская церковь и несколько деревянных келий. Легенды связывают её строительство с чудесным спасением Цивильска из осады войсками Степана Разина. В октябре 1671 года Стенька Разин подошёл к Цивильску, но попытка взять город-крепость с наскока не удалась, и Разин взял Цивильск в осаду. Припасы уже почти подошли к концу, силы защитников были на исходе, и люди стали подумывать о том, чтобы сдать крепость и бежать за 40 вёрст в соседние Чебоксары.
Однако одной из жительниц Цивильска, Иулиании Васильевой, явилась во сне Пресвятая Богородица, которая вещала о том, что казаки (а основное войско Разина состояло из них) город не возьмут, а когда от города отойдут, в благодарность за своё спасение должны жители Цивильска построить монастырь, за городом, близ Стрелецкого луга, между реками Большой и Малый Цивиль. На месте, указанном Иулиании Богородицей местный стрелец Стефан Рязанов по личному обету и построил ту самую деревянную церковь во имя Вознесения Господня с приделом Тихвинской иконе, которая считалась покровительницей города.
Что же происходило под Цивильском на самом деле? О видении нам ничего неизвестно, но зато точно известно, что Разин со товарищи подошёл к городу в начале сентября 1670 года (обратите внимание, в легенде говорится о 1671 годе), взяв до этого Царицын (современный Волгоград), Астрахань, Симбирск (современный Ульяновск). Из Казани для подавления восстания вышел отряд Барятинского, который по дороге к Цивильску трижды выдерживал сражения с поднятыми разинскими казаками чувашами, подошёл к осаждённому Цивильску, отбил его, но окончательно отогнать от города повстанцев удалось только к концу 1670 - началу 1671 года.
После этих событий, в 1675 году, для Вознесенской (Тихвинской) церкви был написан список с чудотворной Тихвинской иконы Пресвятой Богородицы. Список, как и оригинал, местные жители считали чудотворным, и по их просьбам его носили по городам и сёлам запада Казанской губернии, в том числе в Чебоксары и Ядрин. В первой половине XVIII века и до начала XIX века использовалось двойное название монастыря по церкви и иконе (Вознесенский Тихвинский), потом осталось только название по иконе: Тихвинский монастырь в Цивильске. В начале XVIII века в России прошла процедура объединения маловотчинных монастырей, братия Тихвинского была переведена в Геронтиеву пустынь, а на его месте недолгое время существовал женский монастырь.
Длилась эта эпоха недолго. Реформа объединения маловотчинных монастырей проходила в 1723 - 1724 годах, а снова как мужской монастырь стал известен с 1737 года. При этом в первой половине XVIII века на территории монастыря имелась каменная Вознесенская церковь, 5 деревянных келий, 3 амбара, 2 погреба, хлебопекарня. За территорией находился скотный двор с хозяйственными постройками, штат состоял из игумена, двух иеромонахов, схимонаха, а причт из диакона, дьячка и пономаря, при монастыре действовало кладбище, на котором хоронили в том числе и мирских горожан.
После Екатерининской реформы монастырь стал заштатным, переведён на собственное содержание, и лишился почти всех угодий, коих у него было не так уж мало. Однако спустя всего два года угодья монастырю вернули. А это 40 десятин пашни, 58 десятин сенокоса, рыбные ловли в Чебоксарском уезде и Чекурском затоне на Волге, постоялый двор, перевоз через Волгу и водяная мельница в Свияжском уезде (сдавались в аренду). От казны же монастырь получал “милостинное содержание” в 300 рублей ежегодно.
К концу 60-х годов XIX века монастырь пришёл в упадок. Из братии остались игумен, два иеромонаха да иеродиакон, строения сильно обветшали. Игумен даже чаем и махоркой торговал в обход всех церковных законов и уставов, чтобы обитель могла свести концы с концами. В 1868 году архиепископ Казанский Антоний вообще предложил Консистории закрыть обитель, но в защиту монастыря выступили горожане, и в 1870 году мужской монастырь по указу Синода стал женским.
Женскому монастырю на этапе становления и строительства помогали собственными средствами казанский купец Василий Никитин, московский купец Василий Мальцев, чебоксарский купец Прокопий Ефремов и другие благотворители. Сразу после преобразования были отремонтированы дом для проживания игумении, кельи, построены женская школа, больница, трапезная, кухня, прачечная, новые жилой дом для причта и скотный двор (за оградой монастыря).
Новое строительство продолжалось весь конец XIX века. Сюда привезли из села Абашева деревянную церковь Святого Харлампия, а вместо обветшавшей Вознесенской выстроили в 1886 году новую трехпрестольная Тихвинскую церковь. При монастыре действовал женская школа и приют-богадельня для девочек-сирот. К уже перечисленным выше владениям и угодьям прибавились скит в пустоши Оползино Чебоксарского уезда, два деревянных дома с надворными постройками для причта в Цивильске, два каменных доходных дома в Казани (Никитинское подворье), иконописная и золотошвейная мастерские.
Революция перечеркнула только было наладившуюся жизнь. В начале 1918 года монастырские угодья были разорены местными крестьянами (что, на самом деле, редкость, крестьяне довольно трепетно относились к церковному имуществу), часть имущества была национализирована, но несмотря на это в 1919 году штат монастыря состоял из игуменьи, 25 монахинь и 214 послушниц. Сравните с периодом мужского монашества!
Монастырь продолжают потихоньку национализировать. В 1920 году в обители расположили квартиры для советских служащих, детский дом, дом младенца и дом престарелых, а на базе угодий и скотного двора организован колхоз. В декабре 1923 года на фоне религиозных послаблений была зарегистрирована монастырская община, но уже в 1925 году монастырь закрыли окончательно, а колокольню разобрали на кирпич. В перестроенном Тихвинском соборе в советские годы располагались детский дом, госпиталь, педагогическое и швейное училища. Монастырь вернули епархии в 1997, а повторный указ Синода об открытии женского монастыря был издан 26 февраля 1998 года.