Несмотря на прогресс в политической сфере и включение англоговорящих людей во временное правительство, канадский контингент ещё не был подавлен. 9 января из тюрьмы в Форт-Гарри сбежали многие заключённые, в том числе Чарльз Мэйр, Томас Скотт и ещё десять человек. Джон Шульц сбежал 23 января. К 15 февраля Риэль освободил оставшихся заключённых под честное слово не заниматься политической агитацией. Шульц, Мэйр и Скотт намеревались продолжать работать над тем, чтобы отстранить метисов от власти.
Мэйр и Скотт отправились в канадские поселения, окружавшие Портидж-ла-Прери, где они встретились с Бултоном, а Шульц искал новобранцев в канадских приходах ниже по течению. 12 февраля Бултон повёл отряд из Портидж-ла-Прери на встречу с людьми Шульца в Килдонане. Они намеревались свергнуть временное правительство. Бултон испытывал сомнения и повернул отряд назад. Войска Риэля обнаружили этих людей, и 17 февраля Боултон, Скотт и ещё 46 человек были схвачены возле форта Гарри. Узнав об этом, Шульц и Мэйр бежали в Онтарио.
Риэль потребовал, чтобы с Боултоном разобрались как с примером для подражания. Его судили и приговорили к смертной казни за вмешательство во внутренние дела временного правительства. Заступничество Дональда Смита и других привело к его помилованию, но только после того, как Риэль получил от Смита заверения, что тот убедит английские приходы избрать временных представителей. Однако заключённый Томас Скотт расценил помилование Боултона как слабость метисов, к которым он относился с неприкрытым презрением. После того как он неоднократно ссорился со своими охранниками, они настояли на том, чтобы его судили за неподчинение. На суде над ним, за которым наблюдал Амбруаз-Дидим Лепин, он был признан виновным в оскорблении президента, неповиновении власти временного правительства и драке со своей охраной. Он был приговорен к смертной казни, хотя тогда они не считались тяжкими преступлениями. Смит и Боултон попросили Риэля смягчить приговор, но Смит сообщил, что Риэль ответил на его мольбы словами: «Я сделал три добрых дела с тех пор, как начал: я пощадил Боултона по вашей просьбе, я помиловал Гэдди, а теперь я застрелю Скотта». Скотт был расстрелян 4 марта 1870 года. Историки спорят о том, почему Риэль позволил провести казнь, поскольку считают это его главной политической ошибкой. Он сам оправдывался тем, что считал необходимым показать канадцам, что к метисам нужно относиться серьёзно.
Парламент Канады принял Закон о Манитобе 1870 года, позволивший колонии Ред-Ривер войти в Конфедерацию в качестве провинции Манитоба. Закон также включал некоторые требования Риэля, такие как создание отдельных французских школ для детей метисов и защита католицизма.
После достижения соглашения Канада направила в Манитобу военную экспедицию для обеспечения федеральной власти. Теперь известная как экспедиция Уолсли или экспедиция на Ред-Ривер, она состояла из канадских ополченцев и британских регулярных войск под командованием полковника Гарнета Уолсли. В Онтарио росло возмущение по поводу казни Скотта, и многие там хотели, чтобы экспедиция Уолсли арестовала Риэля за убийство и подавила то, что они считали восстанием.
Луи Риэль мирно покинул форт Гарри до прибытия войск в августе 1870 года. Предупрежденный многими о том, что солдаты арестуют его, и лишенный амнистии за его политическое руководство восстанием, Риэль бежал в Соединенные Штаты.