Став лидером, Луи Риэль осудил исследование в речи, произнесённой в конце августа на ступенях собора Святого Бонифация.11 октября 1869 года Риэль и другие метисы помешали работе геодезистов и организовали «Национальный комитет метисов» для представления интересов метисов.
Изначально в Ред-Ривер было две группы сопротивления. Одну возглавлял Луи Риэль, а другую — метис по имени Уильям Диз. Долгое время они вели борьбу за власть на символическом уровне, и обе стороны по-разному смотрели на единство метисов. В конце концов Риэль победил Диза в борьбе за лидерство в сопротивлении и укрепил свою поддержку в сообществе французских метисов.
30 октября Макдугалл добрался до границы, несмотря на письменный приказ Риэля, который заявил, что любая попытка Макдугалла войти в колонию Ред-Ривер будет пресечена, если канадцы сначала не договорятся с метисами и остальным населением поселения.
2 ноября отряд метисов под командованием Амбруаза-Дидима Лепина отбросил отряд Макдугалла от границы с США и вынудил его отступить в Пембину, территория Дакота. В тот же день Риэль повёл примерно 400 человек, набранных из меховых бригад, недавно вернувшихся в поселение на сезон, чтобы захватить форт Гарри без кровопролития. Это стало известно как один из самых блестящих ходов Риэля, поскольку контроль над фортом символизировал контроль над всеми путями, ведущими к поселению и на северо-запад.
Жители колонии Ред-Ривер расходились во мнениях о том, как вести переговоры с Канадой. В частности, франкоговорящие и англоязычные жители не могли договориться о дальнейших действиях. В качестве примирительного жеста 6 ноября Риэль попросил англоговорящих жителей выбрать делегатов от каждого из их приходов для участия в съезде с представителями метисов.
Примерно в середине декабря 1869 года Риэль представил список из 14 прав в качестве условия объединения. Они включали представительство в парламенте, двуязычный законодательный орган и верховного судью, а также признание некоторых земельных претензий.
Большая часть поселения склонялась к точке зрения метисов, но про-канадское меньшинство оказывало сопротивление, оно возглавлялось доктором Джоном Кристианом Шульцем и Чарльзом Мэйром. Макдугалл поручил собрать ополчение для ареста метисов, которые занимали Верхний Форт-Гарри, англоязычные поселенцы в основном проигнорировали призыв к оружию.
Луи Риэль воспринял угрозу всерьёз и приказал окружить дом Шульца. 7 декабря повстанцы сдались и были заключены в Форт-Гарри. Беспорядки и отсутствие чёткой власти вынудили Национальный комитет метисов 8 декабря объявить о создании временного правительства.
В Оттаве генерал-губернатор лорд Лисгар по просьбе премьер-министра Джона А. Макдональда 6 декабря объявил амнистию для всех, кто сложил оружие в районе Ред-Ривер. Он отправил аббата Жана-Батиста Тибо и Шарля-Рене д’Ирамберри де Салаберри с миссией примирения, но не наделил их полномочиями вести переговоры от имени правительства. Макдональд назначил Дональда Смита специальным уполномоченным с более широкими полномочиями для ведения переговоров.
27 декабря Джон Брюс подал в отставку с поста президента временного правительства, и президентом был избран Луи Риэль. В тот же день в поселение прибыл Дональд Смит, а вскоре за ним последовал де Салаберри, который присоединился к Тибо, прибывшему на Рождество. Они встретились с Риэлем 5 января 1870 года, но не пришли ни к какому выводу. На следующий день Риэль и Смит встретились снова. Тогда Смит пришёл к выводу, что переговоры с комитетом будут безрезультатными. Он решил обойти его и представить канадскую позицию на публичном собрании.
Встречи состоялись 19 и 20 января. В качестве переводчика выступал Риэль, и Смит заверил многочисленную аудиторию в доброй воле канадского правительства, намерении предоставить представительство и готовности пойти на уступки в отношении земельных претензий. Теперь, когда урегулирование было позади, Риэль предложил сформировать новый съезд из 40 представителей, поровну распределённых между франко- и англоязычными поселенцами, чтобы рассмотреть инструкции Смита, и это предложение было принято. Смит предложил отправить делегацию в Оттаву для прямых переговоров с Канадой, и Риэль с готовностью принял это предложение.
Риэль также предложил реформировать временное правительство, чтобы оно было более инклюзивным для обеих языковых групп. 10 февраля съезд принял конституцию, закрепляющую эти цели. Было создано выборное собрание, состоящее из 12 представителей от англоязычных приходов и такого же количества представителей от франкоязычных приходов.