В Assassin's Creed Shadows будет два главных героя, каждый из которых обладает своими сильными и слабыми сторонами, однако креативный директор Джонатан Дюмон рассказал, что игроки могут спокойно сосредоточиться только на одном из них. В недавнем интервью для новостного портала Screenrant Дюмон заявил, что игра не будет закрывать контент в зависимости от выбора игроком протагонистов. Однако он также отмечает, что у каждого протагониста будут эксклюзивные сюжетные линии, которые не будут доступны для другого персонажа. Эти сюжетные линии являются более личными для персонажа, так что вполне логично, почему, к примеру, Ясуке не может принять участие в личном квесте Наоэ.
Дюмон ещё раз подчеркнул, что Assassin's Creed Shadows не разрабатывалась с учетом того, что игрокам придётся делить своё время поровну между обоими протагонистами. Напротив, игроки вольны выбирать в качестве главного героя между быстрой и хитрой Наоэ и сильным и медленным Ясуке.
После нескольких переносов релиз As